基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

MCF7细胞中KDM5A敲低及abemaciclib处理后RB与KDM5A的CUT&RUN图谱分析

该数据集为BioProject收录的MCF7乳腺癌细胞表观基因组学数据，聚焦于KDM5A敲低及abemaciclib处理条件下RB与KDM5A的CUT&RUN全基因组定位图谱。数据来源于NCBI BioProject数据库，项目编号为PRJNA1482488，属于肿瘤/乳腺癌研究领域，主题标签为表观基因组学（Epigenomics）。该数据集通过CUT&RUN技术对MCF7细胞中RB和KDM5A两种蛋白的全基因组结合位点进行 profiling，涵盖KDM5A敲低和abemaciclib处理两种实验条件，旨在为乳腺癌表观遗传调控机制研究提供数据支持。

【数据集背景】

该数据集所属的BioProject是一个生物学数据集合，围绕单一研究计划组织，来源于单一机构或联盟。BioProject记录为用户提供统一入口，以便查找该项目产生的多种数据类型。该数据集聚焦于MCF7乳腺癌细胞，研究KDM5A敲低及abemaciclib处理条件下RB与KDM5A的CUT&RUN全基因组定位。MCF7是乳腺癌研究中常用的细胞系，而CUT&RUN是一种用于检测蛋白质与DNA结合位点的技术。该数据集的主题标签为表观基因组学，属于肿瘤/乳腺癌分类。

【数据内容】

该数据集包含RB和KDM5A在MCF7细胞中的CUT&RUN profiling数据，实验条件包括KDM5A敲低和abemaciclib处理。CUT&RUN技术用于全基因组范围内定位RB与KDM5A的结合图谱。数据涉及两种蛋白（RB和KDM5A）在两种处理条件（KDM5A knockdown和abemaciclib treatment）下的定位信息。源站未提供具体的样本数量、数据文件格式、测序深度、基因组版本等详细内容。

【采集与来源】

该数据集来源于NCBI BioProject数据库，来源站为ncbi.nlm.nih.gov。BioProject记录提供用户查找该项目相关多种数据类型的统一入口。源站未提供具体的实验操作流程、细胞培养条件、抗体信息、测序平台等采集细节。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌表观遗传学相关研究，特别是涉及KDM5A功能、RB蛋白定位以及abemaciclib处理对表观基因组影响的场景。可用于分析KDM5A敲低或abemaciclib处理后RB与KDM5A在全基因组范围内的结合变化。适用于表观基因组学数据分析、CUT&RUN数据挖掘以及乳腺癌细胞中蛋白-DNA相互作用研究。源站未提供具体的适用分析工具或下游应用案例。

【使用方法】

源站未提供具体的数据下载方式、文件格式说明、数据处理流程或分析指南。用户可通过NCBI BioProject数据库访问该数据集，但具体使用方法需参考源站提供的相关链接和文档。源站未提供关于数据预处理、质量控制或分析步骤的说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、技术验证、重复性、测序质量或潜在限制的具体信息。该数据集为BioProject收录数据，其质量与限制需依据源站记录及相关链接中的信息进行判断。源站未提供关于数据完整性、偏差或使用注意事项的说明。

【引用与许可】

源站未提供具体的引用格式、许可协议或使用条款。用户需参考NCBI BioProject数据库的相关政策以及该数据集记录中可能提供的引用信息。源站未提供关于数据共享、再分发或商业使用的许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE336727

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1482488

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

视网膜母细胞瘤蛋白（Rb）是一种肿瘤抑制因子，以抑制E2F转录因子并阻止细胞周期进展而著称。在激素受体阳性（HR+）乳腺癌中，CDK4/6抑制剂通过阻止Rb磷酸化来激活Rb，构成当前内分泌治疗方案的关键组成部分。药理学激活的Rb如何重塑染色质并在细胞周期阻滞之外影响转录，仍知之甚少。在此，我们展示CDK4/6抑制诱导低磷酸化Rb重新分布至启动子和增强子。虽然Rb如预期般结合细胞周期基因启动子以抑制转录，但在其他位点，它通过整合入富含雌激素受体（ER）的转录枢纽，意外地促进雌激素响应基因的表达。CDK4/6抑制以Rb依赖的方式增强乳腺癌细胞、患者来源异种移植瘤以及临床HR+乳腺癌样本中的ER靶基因表达。这种重编程部分由KDM5A介导，其与Rb的相互作用有助于这些位点的基因调控。关键的是，这一Rb驱动的ER转录程序的组成部分具有促增殖作用。

在内分泌敏感性肿瘤中，这可以通过抗雌激素治疗被中和，从而解释了治疗协同作用。在内分泌耐药的情况下，如ESR1突变型乳腺癌，该程序持续存在，限制了治疗效果。这些发现重新定义了Rb，将其视为一种双功能转录调节因子，它在执行细胞周期阻滞的同时，也能激活抵消其抑癌功能的程序。总体设计：在经非靶向对照siRNA或针对KDM5A的siRNA以及DMSO对照或abemaciclib处理的MCF7细胞中，对RB和KDM5A进行CUT&RUN。通过在DMSO处理的细胞中分析KDM5A来验证KDM5A敲低。在接受对照或KDM5A siRNA并用DMSO或abemaciclib处理的样本中对RB进行分析，每个RB CUT&RUN条件有两个生物学重复。小鼠Ig

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别