基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1473148：人Tr1细胞表观遗传景观、关键转录调控因子及体内鉴定 [ATAC-seq]

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 PRJNA1473148，英文名称为“Epigenetic landscape, key transcriptional regulators, and in vivo identification of human Tr1 cells [ATAC-seq]”。从名称可以看出，该项目围绕人 Tr1 细胞的表观遗传景观、关键转录调控因子以及体内鉴定展开，并包含 ATAC-seq 数据。ATAC-seq 是一种用于检测染色质开放区域的测序技术，通常用于研究基因表达调控相关的染色质状态。该数据集在分类上归入肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为表观基因组学（Epigenomics）。整体而言，这是一个来源于 NCBI BioProject 的生物学项目记录，旨在为相关研究提供可检索、可关联的数据入口，帮助使用者定位该项目所产生的多种数据类型。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的生物学数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，并为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型的数据。PRJNA1473148 即属于此类项目记录，其研究主题聚焦于人 Tr1 细胞的表观遗传景观、关键转录调控因子及体内鉴定，并明确包含 ATAC-seq 数据。该项目的主题标签为表观基因组学，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 ATAC-seq 数据，属于表观基因组学范畴。项目名称表明其研究涉及人 Tr1 细胞的表观遗传景观、关键转录调控因子以及体内鉴定。ATAC-seq 数据通常用于分析染色质开放状态，进而辅助识别潜在的调控区域。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序深度、数据文件格式、基因组版本、具体细胞亚群或分析结果的更多细节。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录，项目编号为 PRJNA1473148。源站描述指出，BioProject 记录本身是相关生物学数据的集合入口，可链接到由该项目产生的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者信息或具体实验流程，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集可适用于表观基因组学相关研究，尤其是围绕人 Tr1 细胞的染色质开放状态分析。由于项目名称提及关键转录调控因子及体内鉴定，该数据也可能用于探索 Tr1 细胞中与转录调控相关的表观遗传特征。此外，本站分类将其归入肿瘤 / 乳腺癌方向，提示其可能在该领域中具有潜在应用价值。但具体适用场景需结合项目实际产生的数据和分析目标判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，使用者可通过项目编号 PRJNA1473148 在 NCBI BioProject 中检索并访问该项目。按照 BioProject 的通用用途，用户可通过该记录查找与项目相关的不同类型数据链接。关于 ATAC-seq 数据的具体下载方式、分析流程、参考基因组、软件参数或质量控制步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目层面的记录。源站描述仅说明 BioProject 是相关数据的集合入口，并未提供关于数据质量、完整性、测序质量指标、重复性、批次效应或验证结果的具体信息。因此，无法依据现有信息对该数据集的质量作出评价。此外，样本量、数据规模、分析结论等关键细节均未提供，使用时应结合原始项目页面进一步确认。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333876

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1473148

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

1型调节性T（Tr1）细胞是具有免疫调节功能的CD4+ T细胞，由成熟的外周CD4+ T细胞在持续胸腺外抗原刺激下诱导产生。人类Tr1细胞在疾病中的作用尚未完全明确，因为调控其抗原驱动分化的转录因子尚不清楚，而且对于如何在发生抗原相互作用组织中最佳识别它们缺乏共识。在此，我们利用全面的批量及单细胞（sc）转录组学、表观基因组学和TCR库分析，结合基于CRISPR的功能基因组学，对人工抗原诱导的Tr1细胞进行研究，揭示了转录因子IRF4、BATF和MAF在人Tr1细胞分化和功能中的作用。此外，我们鉴定出一种Tr1细胞转录特征，能够在接受Tr1治疗患者外周血CD4+ T细胞的sc-RNA-seq数据集中，以及透明细胞肾细胞癌、三阴性乳腺癌和结直肠癌患者肿瘤浸润CD4+ T细胞中，识别出Tr1样细胞。

这些数据促进了Tr1疗法和靶向Tr1治疗方法的进一步发展，并为人类Tr1细胞生物学提供了新的见解。总体设计：T-allo10和对照T-allo细胞来源于5名健康供体的总CD4+ T细胞/树突状细胞供体对。在培养第10天，通过FACS从T-allo10细胞产品中分离出Tr1和非Tr1细胞，并从T-allo细胞产品中分离出Teff。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别