PRJNA1456556：动态乙酰化/去乙酰化决定 TRIM27 核质定位以驱动肿瘤进展 [CUT&Tag II]

该数据集来自 NCBI BioProject（编号 1456556），主题为动态乙酰化/去乙酰化调控 TRIM27 的核质定位及其在肿瘤进展中的作用，采用 CUT&Tag II 技术，属于表观基因组学范畴，本站归类为肿瘤/乳腺癌

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基因组Epigenomics

PRJNA1456556: Dynamic acetylation/deacetylation dictates TRIM27 nuclear-cytoplasmic localization for cancer progression [CUT&Tag II]

基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1456556：动态乙酰化/去乙酰化决定 TRIM27 核质定位以驱动肿瘤进展 [CUT&Tag II]

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1456556，英文名称为“PRJNA1456556: Dynamic acetylation/deacetylation dictates TRIM27 nuclear-cytoplasmic localization for cancer progression [CUT&Tag II]”。其研究主题聚焦动态乙酰化与去乙酰化如何调控 TRIM27 的核质定位，并探讨这一过程在肿瘤进展中的作用。项目采用 CUT&Tag II 技术，属于表观基因组学范畴，本站将其归类为肿瘤/乳腺癌方向。作为 BioProject 记录，它汇集了围绕同一研究目标产生的多种生物数据，为用户提供统一入口以定位和访问相关数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号 1456556。BioProject 是围绕单一研究计划或项目组织起来的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，用以查找该项目产生的多种数据类型。本项目的研究背景涉及动态乙酰化/去乙酰化对 TRIM27 核质定位的调控，以及该调控与肿瘤进展之间的关系。主题标签为表观基因组学，本站分类为肿瘤/乳腺癌。源站标题为“Dynamic acetylation/deacetylation dictates TRIM27 ... (ID 1456556) - BioProject - NCBI”。

【数据内容】

该数据集采用 CUT&Tag II 技术，属于表观基因组学范畴。项目围绕动态乙酰化/去乙酰化调控 TRIM27 核质定位及其在肿瘤进展中的作用这一主题展开。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、数据文件类型、测序深度、基因组覆盖度、具体靶点或分析结果等更详细的数据内容描述。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库。项目编号为 1456556。源站描述指出，BioProject 是来自单一机构或联合体的、与单一研究计划相关的生物数据集合，并为用户提供查找该项目多种数据类型的统一入口。除来源站和项目编号外，源站未提供关于采集方法、实验设计、样本来源、机构名称或具体研究者的更多信息。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学相关研究，尤其是涉及 CUT&Tag II 技术的分析场景。其主题涉及动态乙酰化/去乙酰化对 TRIM27 核质定位的调控，以及该过程在肿瘤进展中的作用，因此可用于肿瘤/乳腺癌方向的机制探索。由于本站分类为肿瘤/乳腺癌，该数据集也可能适用于相关领域的比较分析或数据挖掘。除上述方向外，源站未提供关于具体适用场景的更多说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 1456556。BioProject 记录提供统一入口，便于查找该项目产生的多种数据类型。除访问入口和项目编号外，源站未提供关于数据下载、预处理、分析流程或工具使用的具体说明。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 记录，其质量与限制信息源站未提供。源站未提供关于数据完整性、准确性、覆盖度、批次效应或技术偏差的具体说明。用户在使用时需注意，源站描述仅说明 BioProject 的一般性质，未针对本项目给出具体的质量控制指标或限制条件。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可信息源站未提供。用户如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 页面中可能提供的相关说明。除来源站和项目编号外，源站未提供关于引用格式、许可条款或使用限制的具体信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328799

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1456556

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症侵袭和转移由复杂的分子机制所协调，这些机制至今尚未被完全理解。我们发现，通常被认为是E3泛素连接酶的三联基序包含蛋白27（TRIM27）在癌症进展中发挥双重作用。这些作用取决于其亚细胞定位，而亚细胞定位受赖氨酸297（K297）位点的乙酰化和去乙酰化调控，且这一调控独立于其泛素连接酶活性。由通用控制非阻遏蛋白5（GCN5）介导的乙酰化将TRIM27导向细胞核，在核内它通过调节配对盒6（PAX6）的转录来抑制癌细胞侵袭和转移。相反，由组蛋白去乙酰化酶4（HDAC4）介导的去乙酰化则导致其定位于细胞质，促进细胞增殖和肿瘤生长。在细胞核中，TRIM27与聚（ADP-核糖）聚合酶1（PARP1）及负延伸因子（NELFs）结合，抑制PARP1介导的NELFA单ADP-核糖基化，从而阻止RNA聚合酶II从转录暂停中释放，导致PAX6的转录抑制。

此外，我们证明使用PARP1抑制剂Olaparib治疗能够限制缺乏乳腺癌基因（BRCA）突变的癌细胞的转移，揭示了此前被忽视的治疗潜力。重要的是，Olaparib与HDAC4抑制剂Tasquinimod的联合使用能够协同抑制癌症转移。总体而言，这些发现揭示了翻译后修饰之间复杂的相互作用，这些修饰决定了TRIM27的亚细胞定位和生物学功能，突出了有效癌症治疗的新策略。总体设计：进行了全基因组CUT&Tag测序，以分析组蛋白标记（H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K27ac）和关键转录调控因子（CDK9、RNA聚合酶II p-CTD-S5）的染色质占据情况。所有样本均制备了独立的生物学重复。本研究旨在阐明

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别