亲本U2OS细胞中MYC的ChIP-Rx（参考外源基因组ChIP-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1437041

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

新出现的证据表明，MYC能够结合RNA，但其功能后果仍不清楚。在此，我们整合了多组学数据，揭示了MYC广泛结合增强子RNA（eRNAs），这些eRNAs在癌细胞系和患者肿瘤中表现出高度的癌症和组织特异性表达。此外，我们开发了一种计算流程，用于识别潜在的顺式调控MYC-eRNA靶基因，其中大多数预测的eRNA-靶基因对得到了RNA聚合酶II介导的染色质相互作用数据的支持。在这些靶基因中，我们对MERG1进行了功能表征，发现它是一种致癌eRNA，能够促进乳腺癌肿瘤发生。机制上，MERG1与MYC相互作用，增强其在GREB1启动子上的占据，驱动染色质重塑和表观遗传激活。这一过程特异性地放大GREB1表达并促进肿瘤进展。最后，纳米颗粒介导的靶向MERG1的反义寡核苷酸递送抑制了MYC介导的乳腺癌生长。这些结果推进了我们对增强子驱动的基因表达调控和肿瘤发生的理解，并为MYC在癌症中的调控格局提供了见解。

总体设计：在亲本U2OS细胞中对MYC进行染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），并采用参考外源基因组（ChIP-Rx）。使用NIH3T3细胞（小鼠）作为参考外源基因组。每种细胞测序了两个生物学重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。