PRJNA1427162：乳腺癌进展中基因组重组及功能影响 [ATAC-Seq]

该数据集来自 NCBI，属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为 Epigenomics。研究在非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞中生成高分辨率 Micro-C 接触图谱，分析染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的进展相关重组，并识别不变染色质特征

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时间序列分类Epigenomics

PRJNA1427162: Genome reorganization and its functional impact during breast cancer progression [ATAC-Seq]

基本信息

模态

时间序列

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1427162：乳腺癌进展中基因组重组及功能影响 [ATAC-Seq]

该数据集来自 NCBI，属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为 Epigenomics。研究在非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞中生成高分辨率 Micro-C 接触图谱，分析染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的进展相关重组，并识别不变染色质特征。其英文名称为 PRJNA1427162: Genome reorganization and its functional impact during breast cancer progression [ATAC-Seq]。该数据集旨在从精细尺度与全基因组层面探索癌症进展过程中染色质结构与表观遗传参数如何变化，为理解乳腺癌演进中的基因组空间组织重塑提供数据基础。

【数据集背景】

乳腺癌进展涉及基因组结构与表观遗传调控的复杂改变。为探索染色质结构及基因组架构的表观遗传参数在癌症进展过程中如何在精细尺度和全基因组范围内发生变化，该研究以非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞为对象，生成高分辨率 Micro-C 接触图谱。研究关注进展相关的染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的重组，同时也识别不变染色质特征。通过将结构特征与基因表达、组蛋白修饰及潜在增强子变化相关联，研究进一步探讨了这些结构变化的功能影响。

【数据内容】

该数据集的核心内容为在非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞中生成的高分辨率 Micro-C 接触图谱。基于这些图谱，研究分析了染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的进展相关重组，并识别了不变染色质特征。研究还把这些结构特征与基因表达变化、组蛋白标记以及潜在增强子联系起来，发现很大一部分差异表达基因与远端调控元件存在物理连接。数据集主题标签为 Epigenomics，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA1427162: Genome reorganization and its functional impact during breast cancer progression [ATAC-Seq]。源站描述指出，研究在非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞中生成高分辨率 Micro-C 接触图谱，以探索癌症进展过程中染色质结构与表观遗传参数在精细尺度和全基因组层面的变化。除上述来源与样本信息外，源站未提供更详细的采集时间、地点、仪器型号或具体实验流程。

【适用场景】

该数据集适用于研究乳腺癌进展过程中染色质空间组织重塑的相关场景，包括分析染色质区室的大规模位移、拓扑关联结构域（TADs）与染色质环的精细结构变化，以及将这些结构特征与基因表达、组蛋白修饰和潜在增强子变化进行关联分析。由于研究覆盖非恶性、癌前和转移性三个阶段，该数据集也可用于比较癌症不同发展阶段中染色质结构变化的时序特征，并识别在进展过程中保持不变的染色质特征。主题标签 Epigenomics 表明其适用于表观基因组学相关研究。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。用户可依据 NCBI 来源站提供的访问入口获取该数据集，并结合其高分辨率 Micro-C 接触图谱开展染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的分析。由于源站未提供详细的数据格式、处理流程或分析工具建议，具体使用方式需参考源站记录及相关原始文献。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量与限制的明确说明。已知信息表明，该数据集基于非恶性、癌前和转移性 MCF10 乳腺癌上皮细胞生成高分辨率 Micro-C 接触图谱，研究涉及染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的进展相关重组，并识别不变染色质特征。除这些内容外，源站未提供样本量、重复数、测序深度、分辨率具体数值或验证结果等质量相关信息，也未说明数据使用中的限制条件。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。该数据集英文名称为 PRJNA1427162: Genome reorganization and its functional impact during breast cancer progression [ATAC-Seq]，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。用户在使用时应参考 NCBI 来源站记录及相关原始文献，以获取准确的引用要求与许可条款。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE320215

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1427162

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在精细尺度和全基因组范围内探索癌症进展过程中染色质结构和基因组架构的表观遗传参数如何变化，我们在非恶性、癌前和转移性MCF10乳腺癌上皮细胞中生成了高分辨率Micro-C接触图谱。我们描绘了与进展相关的染色质区室、拓扑关联结构域（TADs）和染色质环的重组，并识别了不变的染色质特征。我们发现大规模的区室转变主要发生在癌症发展的早期阶段，而更精细尺度的TADs和环化结构变化则在向转移的后期转变中积累。我们将这些结构特征与基因表达、组蛋白修饰和潜在增强子的变化相关联，发现很大一部分差异表达基因与远端调控元件有物理连接。虽然染色质环的变化在进展过程中相对罕见，但差异环富集了与进展相关的基因，包括那些参与增殖、血管生成和分化的基因。

增强子-启动子接触或远端增强子活性的变化伴随着差异基因调控，表明染色质接触的变化并非必要，但足以引起基因调控。总之，我们的结果证明了在癌症进展过程中，许多关键基因的基因调控与基因组重塑之间存在功能相关的联系。总体设计：在MCF10A、MCF10AT1和MCF10CA1a细胞系中进行OMNI ATAC-Seq（每个细胞系2个生物学重复）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别