PRJNA1418571：Myc驱动的紧急髓系造血重编程HSPC代谢

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418571

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

造血干细胞和祖细胞（HSPC）通过称为紧急髓系生成（EM）通路的细胞和分子机制，对感染、炎症和再生挑战作出响应。在此，我们试图理解EM在应激条件下重编程HSPC以过度产生髓系细胞的代谢适应机制。对HSPC scRNAseq响应EM激活的分析表明，Myc驱动的转录重编程导致OXPHOS增加以及对谷氨酰胺分解和回补性谷氨酰胺代谢的依赖。我们发现谷氨酰胺酶是抑制适应不良性EM条件下髓系过度产生的主要靶点，例如在乳腺癌发展过程中。总之，我们的工作揭示了造血再生中的基本代谢调控机制，并确定了一种常见的Myc驱动的EM适应，导致可治疗靶向的“谷氨酰胺成瘾”。总体设计：用5-氟尿嘧啶（5FU）处理小鼠以刺激急性紧急髓系生成，或将乳腺癌细胞系原位植入以刺激慢性紧急髓系生成。

随后收集骨髓，并从lineage-/cKit+（LK）或lineage-/cKit+/Sca-1+（LSK）组分中分离造血干细胞和祖细胞，进行单细胞RNA测序或Multiome ATAC +基因表达分析。为了评估Myc和Gls这两个基因在紧急髓系生成代谢适应中的功能，我们构建了条件性Myc杂合子小鼠或Gls条件性敲除小鼠。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。