基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1314756：乳腺细胞中GRHL2与PR转录协同调控的机制解析

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目，编号 1314756，英文名称为“PRJNA1314756: Mechanistic dissection of GRHL2 and PR transcriptional co-regulation in breast cells”。从名称与主题来看，该项目聚焦于乳腺细胞中 GRHL2 与 PR 两种因子在转录层面的协同调控机制，属于肿瘤/乳腺癌研究方向，主题标签为 Epigenomics。BioProject 作为生物数据的集合性记录，通常围绕某一项研究计划或机构、联盟发起的研究工作，将同一项目下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。该数据集即通过这一组织形式，为关注乳腺细胞转录调控与表观基因组学的研究者提供一个可定位、可关联的数据入口。

【数据集背景】

该项目来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 的定位是围绕单一研究计划或来自单一组织、联盟的生物学数据集合，其记录为用户提供统一入口，以发现同一项目所生成的不同数据类型。该数据集所对应的研究主题为乳腺细胞中 GRHL2 与 PR 的转录协同调控机制解析，归属于肿瘤/乳腺癌方向，并以 Epigenomics 作为主题标签。上述信息表明，该项目处于转录调控与表观遗传调控交叉的研究语境中，关注两种转录相关因子在乳腺细胞中的功能联系。关于该研究的具体发起机构、资助来源、研究团队及项目周期等信息，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Epigenomics，指向表观基因组学相关数据。项目名称明确涉及 GRHL2 与 PR 的转录协同调控，因此其数据内容应与乳腺细胞中这两种因子的调控机制研究相关。BioProject 记录本身作为项目级入口，可链接到该项目产生的多种数据类型。然而，关于该数据集具体包含哪些数据模态、样本数量、细胞系信息、实验条件、测序平台、数据文件格式及数据量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI BioProject，项目编号为 1314756。BioProject 作为数据集合，通常来自单一组织或联盟发起的研究计划。关于样本采集方式、实验设计、建库方法、测序策略、数据处理流程以及原始数据的具体来源机构等，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与项目名称，该数据集适用于与表观基因组学、乳腺细胞转录调控、GRHL2 与 PR 协同作用机制相关的研究场景。研究者可将其作为项目级入口，查找同一研究计划下产生的多种数据类型。关于该数据集在具体分析流程、疾病模型构建、临床转化或药物靶点研究中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库以项目编号 1314756 进行检索与访问。BioProject 记录提供统一入口，便于用户发现并链接到该项目下的不同数据类型。关于具体的数据下载方式、访问权限、所需工具、分析流程及使用协议等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目级记录。关于数据质量评估指标、数据完整性、批次效应、样本代表性、技术偏差及使用限制等，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307203

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1314756

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集属于一项研究，我们在该研究中功能性地解析了人类乳腺癌细胞中grainyhead样2（GRHL2）与孕激素受体（PR，也称为PGR）的转录共调控作用。作为这些工作的一部分，我们在T47DS细胞中对内源性GRHL2和PR进行了CUT&RUN实验。基因表达受复杂的转录网络控制，其中转录因子及其同源增强子元件整合发育和环境信号。孕激素受体（PR）是一种激素激活的转录因子，对乳腺发育和生理功能至关重要，但其如何与染色质及谱系特异性辅因子相互作用仍不清楚。通过无偏倚的方法，我们确定了上皮转录因子grainyhead样2（GRHL2）是激素反应性乳腺癌细胞中PR活性的关键共调控因子。我们发现GRHL2以非孕激素依赖的方式与PR相互作用。在孕激素刺激下，GRHL2和PR均被招募至远端增强子元件。此外，GRHL2和PR结合的元件通过染色质环化在空间上连接，以调控共同的靶标。

这些发现揭示了一种此前未被认识的机制，即GRHL2和PR通过染色质结合及三维基因组结构修饰来协调基因调控，从而将GRHL2定位为类固醇激素受体功能的关键调节因子。总体设计：在未处理或经1nM R5020处理4小时的T47DS细胞中，对PR、GRHL2和IgG进行CUT&RUN。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别