基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

转移性癌症模型中MYADM与RhoA调控网络的转录组与表观基因组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项生物项目，编号为 1262379，英文标题为“Transcriptomic and Epigenomic Profiling of MYADM and RhoA Regulatory Networks in Metastatic Cancer Models”。从标题可以看出，该项目围绕转移性癌症模型展开，重点对 MYADM 与 RhoA 相关调控网络进行转录组与表观基因组层面的分析。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为“Other”。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 BioProject 体系下的项目记录，为用户提供访问该项目所产生多种数据类型链接的入口。整体而言，这是一个聚焦特定分子调控网络、面向转移性癌症研究的多组学项目资源，适合关注 MYADM、RhoA 及相关转录组、表观基因组信息的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 中的一条项目记录，项目编号为 1262379。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议汇集生物数据的集合，通常来源于单一机构或联合体。BioProject 记录的核心作用，是为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的英文标题明确指向“转移性癌症模型”中的 MYADM 与 RhoA 调控网络，并采用转录组与表观基因组两种组学手段进行刻画。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为“Other”。除上述信息外，关于该项目的具体研究机构、资助来源、实验设计细节等，源站未提供。

【数据内容】

从项目标题可知，该数据集涉及转录组与表观基因组两个层面的数据，研究对象为转移性癌症模型中的 MYADM 与 RhoA 调控网络。转录组层面通常对应基因表达相关信息，表观基因组层面通常对应 DNA 甲基化、染色质状态等调控相关信息。但就该项目而言，具体包含哪些样本、采用何种测序或检测平台、产生多少数据量、涵盖哪些具体分子事件，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为“Other”，可作为该数据集在应用领域上的归类参考。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的项目记录，项目 ID 为 1262379。BioProject 作为生物数据集合，其记录本身并不直接等同于某一类原始数据文件，而是提供指向该项目所生成多种数据类型的链接入口。关于该项目的具体提交机构、样本采集方式、实验操作流程、数据处理步骤等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与转移性癌症模型相关的转录组与表观基因组研究场景，尤其是涉及 MYADM 与 RhoA 调控网络的探索性分析。由于本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，可能对乳腺癌转移机制、分子调控网络、多组学整合分析等方向的研究人员具有参考价值。此外，该数据集作为 BioProject 记录，也可用于查找该项目所关联的多种数据类型，辅助开展数据挖掘或二次分析。但具体适用场景需结合项目实际产生的数据类型与实验设计判断，源站未提供更细化的适用说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，项目编号为 1262379，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。用户可借助 BioProject 记录所提供的统一入口，查找该项目所生成的多种数据类型链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、参数设置等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 项目记录，其质量与完整性取决于项目提交方所提供的信息。BioProject 记录本身提供的是数据类型的链接入口，而非对数据质量的直接评价。关于该项目的样本量、数据覆盖度、测序深度、批次效应、验证实验等质量相关信息，源站未提供。此外，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为“Other”，该分类与标签的具体依据及覆盖范围，源站未提供。使用者在进行二次分析时，应结合原始数据与相关文献自行评估适用性与局限性。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 1262379。关于该项目的具体引用方式、许可协议、使用限制、数据共享政策等，源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时，应访问 NCBI BioProject 对应记录页面，以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297013

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1262379

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含多种具有不同转移潜能的人源和鼠源细胞系的bulk RNA-seq和ATAC-seq图谱，旨在研究MYADM和RhoA在癌症进展中的作用。RNA-seq样本包括鼠源乳腺癌细胞（4T1）中MYADM和RhoA的敲低、人源乳腺上皮细胞（MCF10A）中MYADM的过表达，以及来源于人肾（ACHN）和肺（CL1系列）细胞系的转移进展模型。此外，还从野生型和MYADM全身敲除小鼠分离的骨髓来源单核细胞中收集了转录组数据。ATAC-seq数据由选定的与RNA-seq匹配的样本生成，以表征与MYADM和RhoA扰动相关的染色质可及性变化。所有细胞均在标准条件下培养。该数据集为理解MYADM和RhoA介导的癌症转移过程中的转录和表观遗传改变提供了见解。总体设计：我们对癌细胞系和单核细胞进行了RNA-seq和ATAC-seq，以研究MYADM和RhoA的影响。

样本包括4T1细胞中的MYADM/RhoA敲低、MCF10A中的MYADM过表达、ACHN的转移变体、CL1系，以及野生型和MYADM敲除小鼠的单核细胞。所有细胞均在标准条件下培养。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别