基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1117355：snPATHO-seq 解锁 FFPE 档案用于单核 RNA 分析 [Visium]

PRJNA1117355: snPATHO-seq: unlocking the FFPE archives for single nucleus RNA profiling [Visium] 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学数据项目，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。该项目围绕 snPATHO-seq 这一技术主题展开，目标指向从 FFPE 归档样本中释放单核 RNA 表达谱信息，并包含 Visium 相关的数据内容。BioProject 作为生物学数据的集合性记录，通常围绕单一研究计划组织，来自单一组织或联盟，并为用户提供统一入口，以链接该项目所产生的多种数据类型。因此，该数据集可被理解为一项面向肿瘤（尤其是乳腺癌）研究场景、以单核 RNA profiling 与空间转录组相关技术为线索的归档数据资源，其主题标签为 Other。

【数据集背景】

该数据集的英文名称为 PRJNA1117355: snPATHO-seq: unlocking the FFPE archives for single nucleus RNA profiling [Visium]，源站标题为 BioProject - NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从名称可以看出，该项目与 snPATHO-seq 方法相关，关注 FFPE 归档样本在单核 RNA 表达谱分析中的应用，并包含 Visium 平台或技术相关的数据。本站将其分类为肿瘤 / 乳腺癌，说明该数据在应用领域上可能与乳腺癌研究相关。BioProject 的总体定位是围绕单一计划、来自单一组织或联盟的生物学数据集合，并提供统一入口以链接该项目产生的多种数据类型。因此，该数据集并非单一类型的数据文件，而是一个项目级别的入口，用于组织与发现该项目下的各类生物学数据。

【数据内容】

源站未提供该数据集具体包含的样本数量、数据文件类型、测序深度、基因表达矩阵、空间坐标信息或分析结果等细节。已知信息仅包括其英文名称、源站标题、本站分类、来源站、源站描述与主题标签。名称中提及的 snPATHO-seq、FFPE archives、single nucleus RNA profiling 以及 Visium 等关键词，提示该项目可能涉及从 FFPE 样本中获取单核 RNA 表达谱，并可能与空间转录组技术相关，但源站未提供具体数据内容清单。主题标签为 Other，也未进一步细化数据模态或组织类型。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，源站标题为 BioProject - NCBI。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物学数据集合，并提供统一入口以链接该项目产生的多种数据类型。关于该项目的具体样本采集方式、FFPE 样本来源、伦理审批信息、测序平台、建库方法或数据处理流程，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该数据集可能适用于与肿瘤 / 乳腺癌相关的单核 RNA 表达谱研究，尤其是涉及 FFPE 归档样本的分析场景，也可能适用于与 Visium 相关的空间转录组数据探索。由于主题标签为 Other，其具体应用方向未在标签层面进一步限定。源站未提供该数据集在生物信息学分析、临床转化研究或方法学比较中的具体适用说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、访问链接、文件格式说明、分析流程或配套工具。BioProject 记录的一般用途是提供统一入口，以链接该项目产生的多种数据类型，但针对该项目的具体使用指引，源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息、数据完整性说明、批次效应控制、样本纳入排除标准或技术验证结果。由于仅能确认其名称、分类、来源与主题标签，无法对该数据集的质量水平或使用限制做出进一步判断。源站未提供相关限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策。如需引用或使用，应参考 NCBI BioProject 源站记录中的相关说明，但源站未提供具体内容。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268427

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1117355

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

长期以来，FFPE组织样本一直被认为对sc-/sn-RNA测序分析具有挑战性。在本研究中，我们开发了一种针对FFPE组织样本的新型snRNA-seq工作流程——snPATHO-seq，该流程利用从FFPE样本中分离的高质量细胞核以及10X Genomics FLEX化学技术。snPATHO-seq表现出与成熟的10X Genomics 3’ assay一致的性能。此外，它能够将单核与空间转录组学更准确地整合，并与来自同一FFPE块的FFPE Visium数据集相匹配。我们设想这一新方案能够促进对数百万份已生成的FFPE存档样本的转录组学解读，并简化样本采集过程和数据生成。总体设计：从3个乳腺癌组织FFPE块中获取5μm厚的组织切片，并使用CytAssist仪器进行处理，用于FFPE Visium V2化学技术。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别