亲本与CDK4/6i耐药T47D乳腺癌细胞克隆的HTG EdgeSeq分析
数据覆盖药物耐药细胞模型与亲本细胞的基因表达特征，可用于研究CDK4/6抑制剂耐药的分子机制、筛选耐药相关标志物，并支持乳腺癌内分泌联合靶向治疗耐药方向的转录组层面探索（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
亲本与CDK4/6i耐药T47D乳腺癌细胞克隆的HTG EdgeSeq分析
PRJEB91038 是一个聚焦于乳腺癌细胞耐药机制的基因表达数据集，全称为“HTG EdgeSeq analysis of parental and CDK4/6i-resistant (Ribociclib or Palbociclib) T47D breast cancer cell clones”。该数据集以 T47D 乳腺癌细胞为研究对象，对比分析了亲本细胞与经 CDK4/6 抑制剂（Ribociclib 或 Palbociclib）诱导产生耐药性的细胞克隆之间的基因表达特征。数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，归类于肿瘤／乳腺癌方向，主题标签为“Other”。整体而言，该数据集为研究 CDK4/6 抑制剂耐药的分子机制、筛选耐药相关标志物，以及探索乳腺癌内分泌联合靶向治疗耐药方向提供了转录组层面的数据基础。
【数据集背景】
CDK4/6 抑制剂（如 Ribociclib 和 Palbociclib）是乳腺癌内分泌联合靶向治疗中的重要药物类别。然而，耐药性的出现往往限制其临床疗效。为深入理解耐药发生的分子基础，研究者构建了针对 CDK4/6 抑制剂耐药的 T47D 乳腺癌细胞克隆模型，并采用 HTG EdgeSeq 技术对亲本细胞与耐药细胞进行基因表达分析。该数据集正是围绕这一研究目标产生的 BioProject 记录，旨在为耐药机制研究提供可追溯、可整合的转录组数据资源。
【数据内容】
该数据集的核心内容为 HTG EdgeSeq 分析所获得的基因表达数据，覆盖两类样本：一是未经过药物选择的亲本 T47D 乳腺癌细胞，二是对 Ribociclib 或 Palbociclib 产生耐药性的 T47D 细胞克隆。通过对比这两类样本的表达谱，可以揭示与 CDK4/6 抑制剂耐药相关的基因表达变化。数据所涉及的生物对象明确为乳腺癌细胞模型，分析层面属于转录组水平。除上述信息外，源站未提供关于具体基因数量、表达值范围、差异倍数阈值等更详细的指标。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，BioProject ID 为 1489002。BioProject 是收集与某一特定研究计划相关的生物学数据的集合，这些数据源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种类型数据的链接。该数据集的英文标题明确指出了实验方法（HTG EdgeSeq）、样本类型（亲本与 CDK4/6i 耐药 T47D 乳腺癌细胞克隆）以及所涉及的药物（Ribociclib 或 Palbociclib）。关于样本采集的具体时间、地点、操作流程等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：第一，探究 CDK4/6 抑制剂耐药的分子机制，通过比较亲本与耐药细胞的表达谱，识别可能驱动耐药的关键基因或通路；第二，筛选耐药相关标志物，为后续的临床检测或治疗靶点发现提供候选分子；第三，支持乳腺癌内分泌联合靶向治疗耐药方向的转录组层面探索，帮助理解耐药细胞在基因表达层面的适应性变化。此外，该数据集也可作为乳腺癌耐药研究领域的参考数据，用于与其他相关数据集进行整合分析或验证性研究。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，利用其提供的链接获取与项目相关的各类数据。由于该数据集基于 HTG EdgeSeq 技术产生，使用者在分析时需考虑该技术平台的特性，例如其针对特定基因 panel 的定量方式。对于希望复现或扩展研究的用户，可将亲本细胞与耐药细胞克隆的表达数据进行对比，采用差异表达分析、通路富集分析等常规转录组分析方法。具体的数据下载格式、预处理步骤及分析工具选择，源站未提供明确说明，建议参考原始项目中的相关文档或联系数据提交者。
【质量与限制】
该数据集基于明确的细胞模型和标准化的 HTG EdgeSeq 分析流程，具有较好的针对性和可重复性。然而，作为基于细胞系的研究，其结果外推到临床样本或体内环境时需谨慎。此外，该数据集仅涵盖 T47D 这一种乳腺癌细胞系，且耐药诱导仅涉及 Ribociclib 和 Palbociclib 两种 CDK4/6 抑制剂，因此结论的普适性可能受限。关于数据的具体质量指标（如测序深度、重复数、批次效应等），源站未提供。使用者应结合自身研究目的，评估数据是否满足分析需求。
【引用与许可】
该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用规范，建议在发表成果时注明 BioProject ID（1489002）及数据集英文名称。关于数据使用的许可条款、是否允许商业用途、是否需要获得额外授权等信息，源站未提供。使用者应直接查阅 NCBI 网站上的相关声明或联系数据提交者以获取明确的许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB91038
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为了阐明CDK4/6i耐药的T47D乳腺癌细胞的脆弱性，我们通过使用选择性CDK4/6抑制剂Ribociclib和Palbociclib的逐步剂量递增方案，创建了CDK4/6i耐药的T47D细胞克隆。随后，我们利用HTG EdgeSeq技术，采用HTG Oncology Biomarker Panel（OBP）对2549个基因进行了基因表达分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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