基本信息

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基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB88130：基底样乳腺癌通过刺激MUC1维持上皮/间质混合状态并抵抗放疗

PRJEB88130 是一个来自 NCBI BioProject 的生物学数据项目，其标题为“Basal-like breast cancer stimulates MUC1 to support an epithelial/mesenchymal hybrid state and survive radiotherapy”。从标题可以看出，该项目围绕基底样乳腺癌展开，研究重点在于 MUC1 在肿瘤细胞中的作用，具体涉及刺激 MUC1 后如何支持上皮/间质混合状态，以及这种状态与放疗存活之间的关系。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为“Other”。作为 BioProject 记录，它提供了一个集中入口，用于关联和查找由同一项目产生的多种类型生物学数据。整体而言，该数据集适合关注基底样乳腺癌、MUC1 功能、上皮/间质混合状态以及放疗抵抗机制的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集的英文名称为“PRJEB88130: Basal-like breast cancer stimulates MUC1 to support an epithelial/mesenchymal hybrid state and survive radiotherapy”。源站标题为“Basal-like breast cancer stimulates MUC1 to suppor... (ID 1440883) - BioProject - NCBI”。它来自 NCBI BioProject，编号为 PRJEB88130。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式，用于汇集与某一具体研究计划相关的生物学数据。根据源站描述，一个 BioProject 是一组与单一研究计划相关的生物学数据的集合，这些数据可能来自单一组织或一个联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为“Other”，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。其侧写线索中的短描述指出，该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJEB88130），主题为基底样乳腺癌通过刺激 MUC1 支持上皮/间质混合状态并存活于放疗。

【数据内容】

源站未提供该数据集所包含的具体数据类型、样本数量、测序平台、文件格式或数据量等细节。已知信息仅表明它是一个 BioProject 记录，用于关联与“基底样乳腺癌刺激 MUC1 以支持上皮/间质混合状态并存活于放疗”这一研究计划相关的多种数据类型。因此，无法进一步说明其中包含的是基因组、转录组、表观组还是其他类型的数据。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其 BioProject 编号为 PRJEB88130，源站记录 ID 为 1440883。根据 BioProject 的一般定义，该项目可能来自单一组织或一个联盟，但源站未提供该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于与基底样乳腺癌相关的研究场景，尤其是涉及 MUC1 功能、上皮/间质混合状态以及放疗存活机制的研究。由于主题标签为“Other”，且本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，它可能对肿瘤生物学、乳腺癌分子机制、放疗抵抗以及上皮/间质可塑性等方向的研究人员具有参考价值。用户可以通过该 BioProject 记录查找与同一研究计划相关的多种数据类型，从而支持二次分析或整合研究。

【使用方法】

源站未提供具体的数据访问方式、下载链接、文件格式说明或分析流程。作为 NCBI BioProject 记录，通常可以通过 NCBI 网站访问该项目的页面，并从中链接到相关的数据资源。但针对 PRJEB88130 的具体使用步骤、所需工具或软件，源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、完整性、准确性或技术验证的信息。由于缺乏样本量、实验设计、测序深度、数据处理方法等细节，无法评估该数据集的质量水平。此外，该数据集的主题标签为“Other”，可能意味着其分类信息不够具体。使用时应以源站记录为准，并注意源站未提供相关质量说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用条款。用户在使用前应自行查阅 NCBI BioProject 页面上的相关说明，以确认引用要求和许可条件。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB88130

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB88130

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用高通量测序技术，在基底样乳腺癌(BLBC)的WAP-T小鼠模型中结合空间分辨率，探究了放射治疗(RT)后的转录组响应。分析揭示了基因表达的一种独特空间模式(10X visium平台)，受照射的BLBC肿瘤显示出上皮基因的强烈富集及上皮/间质(E/M)杂合状态。值得注意的是，MUC1表达在RT响应中上调，提示其作为细胞存活关键驱动因素的作用。这些发现为RT下BLBC的空间转录组景观提供了新见解，并突显了MUC1作为优化患者RT反应的治疗靶点或预后标志物的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别