晚期乳腺癌患者卡培他滨治疗健康肠段结肠活检组织RNA-seq
该数据集为 BioProject 收录的 RNA-seq 数据，来源于接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者的健康肠段结肠活检组织
基本信息
资源简介
晚期乳腺癌患者卡培他滨治疗健康肠段结肠活检组织RNA-seq
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-seq 数据，英文名称为“PRJEB49949: RNA-seq of human colon biopsy tissue of healthy segments, from advanced breast cancer patients treated with capecitabine (5-FU)”。从名称可以看出，其研究对象是接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者的健康肠段结肠活检组织，检测手段为 RNA-seq。该数据在分类上属于肿瘤 / 乳腺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Other。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找和访问。该数据集可用于了解特定治疗背景下患者健康肠段结肠组织的转录组特征，为相关研究提供数据基础。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 PRJEB49949。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一组织或联合体发起的生物数据集合，其记录为用户提供统一入口，以查找该项目产生的多种数据类型。该项目的核心背景是晚期乳腺癌患者在接受卡培他滨（5-FU）治疗的过程中，对其健康肠段结肠活检组织进行 RNA-seq 检测。卡培他滨是一种与 5-FU 相关的治疗药物，而该数据集关注的是治疗背景下健康肠段结肠组织的转录组信息。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Other。源站未提供更多关于研究假设、立项背景或具体研究目标的说明。
【数据内容】
该数据集的内容为 RNA-seq 数据，检测对象是人类结肠活检组织，且这些组织取自健康肠段。样本来源为接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者。数据以 BioProject 形式组织，BioProject 记录本身并不直接包含所有原始数据文件，而是提供指向该项目所产生多种数据类型的链接入口。源站未提供样本数量、测序平台、测序深度、读长、数据量、文件格式、基因表达矩阵或差异表达分析结果等具体信息。主题标签为 Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。除上述内容外，源站未提供更多关于数据内容细节的描述。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录，项目编号为 PRJEB49949。样本采集对象为人类结肠活检组织，具体为健康肠段，来自接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者。采集方式为活检，检测方法为 RNA-seq。源站未提供采集时间、采集地点、伦理审批信息、知情同意情况、样本处理流程、RNA 提取方法、建库策略或测序服务提供方等具体信息。该记录由单一组织或联合体发起，但源站未提供具体发起机构或研究团队的详细信息。
【适用场景】
该数据集适用于与肿瘤学、乳腺癌治疗及肠道组织转录组相关的研究场景。由于数据来自接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者的健康肠段结肠活检组织，潜在应用方向包括：探索该治疗背景下健康肠段结肠组织的基因表达特征；作为对照或背景数据，与肿瘤组织或其他状态下的结肠组织转录组进行比较研究；支持 RNA-seq 数据的二次分析、方法学验证或整合分析。此外，该数据也可用于了解 BioProject 中多类型数据的组织方式，以及如何通过 BioProject 入口获取相关数据。源站未提供该数据集的具体适用场景说明或推荐用途。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 PRJEB49949。BioProject 记录提供统一入口，用户可从中查找指向该项目所产生多种数据类型的链接。具体的数据下载方式、可用文件列表、访问权限、是否需要申请、是否开放获取、数据格式及分析工具等，源站未提供。由于该数据集为 RNA-seq 数据，通常需要具备一定的生物信息学分析能力，例如转录组数据处理、序列比对、表达定量和差异分析等，但源站未提供具体的使用指南或分析流程。用户应依据 BioProject 页面提供的链接和说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 收录的 RNA-seq 数据，来源站为 NCBI，具备一定的数据库组织规范性。然而，源站未提供样本数量、测序质量、数据完整性、批次效应、覆盖度、重复性等质量相关指标，也未提供数据限制、使用约束或技术局限的说明。该数据集仅涉及健康肠段结肠活检组织，不包含肿瘤组织或其他肠段组织的信息，且样本来自接受卡培他滨（5-FU）治疗的晚期乳腺癌患者，因此其结论或数据特征可能不适用于其他人群或治疗背景。源站未提供关于数据质量与限制的更多具体内容。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJEB49949。源站未提供具体的引用格式、文献出处、DOI、许可协议、使用条款或数据共享政策。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 页面上的相关说明，并遵循 NCBI 及数据提交方可能规定的引用与许可要求。由于源站未提供明确的许可信息，建议用户直接访问源站页面获取最新、最准确的引用与许可指引。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB49949
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
药物不良反应（ADRs）是临床中导致治疗中断或调整剂量的主要原因之一。化疗引起的不良反应很常见，尤其是胃肠道不良反应。在TransQST（transqst.org）项目中，主要目标之一是改进毒理学研究中的体外-体内转化，以及非临床物种（如大鼠和小鼠）与人类之间的转化。因此，本实验设置旨在研究卡培他滨（在体内活化为5-FU）对晚期乳腺癌患者的影响。在首个单药治疗周期（包括2周治疗随后1周休息）前后，从患者身上采集健康结肠组织。每位患者作为自身对照样本。将结肠活检收集的转录组数据与先前从结肠类器官收集的数据进行比较，以验证体外模型向人类转化的可行性。该数据集是TransQST合作项目的一部分。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
