小鼠野生型或Blg-Cre;Brca1f/f;p53+/-模型中管腔祖细胞的ATAC-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB42707

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症早期检测的主要障碍之一是我们对肿瘤起始事件了解不足。历史上，癌症研究主要集中于已形成肿瘤的组织学和分子特征描述，这导致了数百个推定驱动突变的鉴定。目前尚不清楚这些基因异常如何影响新生肿瘤细胞的细胞状态及其微环境。例如，BRCA1驱动的三阴性乳腺癌（TNBC）已被证明起源于管腔祖细胞，但关于BRCA1功能丧失（LOF）及伴随突变如何影响管腔祖细胞状态，人们知之甚少。该存储库包含从6个月大的Brca1/p53和野生型小鼠中分离的管腔祖细胞的ATAC测序数据集。该数据用于表明，管腔祖细胞中Brca1/p53的扰动在恶性前阶段诱导了异常的腺泡分化。与妊娠期间发生的腺泡分化不同，这一过程是细胞自主的，其特征是驱动腺泡生成的转录因子失调。

ATAC测序数据支持这样一个模型：由Brca1/p53驱动的转录和表观遗传变化无意中促进了管腔祖细胞中固有的分化程序，强调了起源细胞的决定性作用，并为BRCA1肿瘤的组织特异性提供了可能的解释。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。