PRJEB126089：FFPE乳腺癌组织单核RNA测序（淋巴结转移倾向对比）
该数据集为BioProject记录，英文名PRJEB126089，内容是对FFPE乳腺癌组织进行单核RNA测序，样本按淋巴结转移倾向形成对比
基本信息
资源简介
PRJEB126089：FFPE乳腺癌组织单核RNA测序（淋巴结转移倾向对比）
该数据集为 NCBI BioProject 数据库中的一项记录，英文名称为 PRJEB126089，全称为 Single-nucleus RNA sequencing of FFPE breast cancer tissues with contrasting lymph node metastatic propensity。从名称可以看出，该项目的核心内容是对经福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）处理的乳腺癌组织开展单核 RNA 测序，并且所纳入的样本在淋巴结转移倾向上形成对比。数据集在分类上归属于肿瘤领域下的乳腺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录本身是围绕某一项研究计划而汇聚多种类型生物数据的入口，用户可以通过该记录找到由该项目产生的各类数据链接。该数据集的主题标签为 Other。
【数据集背景】
乳腺癌是肿瘤研究中的重要方向，而淋巴结转移状态与患者预后密切相关。围绕转移倾向差异开展分子层面的研究，有助于理解肿瘤转移的生物学基础。该数据集所对应的研究计划，正是以 FFPE 乳腺癌组织为对象，通过单核 RNA 测序技术获取转录组层面的信息，并按照淋巴结转移倾向设置对比分组。FFPE 是临床病理样本长期保存的常规方式，基于此类样本开展测序，在样本可及性方面具有一定意义。源站未提供该研究计划的具体立项背景、所属机构或资助信息。
【数据内容】
该数据集的内容为单核 RNA 测序数据，测序对象是 FFPE 乳腺癌组织。样本分组依据淋巴结转移倾向的差异形成对比。BioProject 记录的作用在于汇集该项目产生的多种数据类型，并提供统一的访问入口。源站未提供样本数量、测序平台、测序深度、数据文件格式与规模等具体信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI BioProject 数据库，记录标识为 PRJEB126089，源站标题显示其 ID 为 1532155。样本类型为 FFPE 乳腺癌组织。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体的数据提交机构。
【适用场景】
该数据集可用于与乳腺癌淋巴结转移相关的转录组研究，尤其是需要在单核分辨率下考察 FFPE 组织基因表达特征的分析场景。由于样本按淋巴结转移倾向形成对比，也可用于比较不同转移倾向样本之间的表达差异。源站未提供该数据集在其他具体研究场景中的应用说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录查找该项目所关联的各类数据链接，并据此获取相应的数据资源。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程或使用建议。
【质量与限制】
该数据集基于 FFPE 组织，此类样本的处理方式可能对核酸质量产生影响，具体影响程度源站未提供。源站未提供关于数据质量评估、批次效应、样本量充分性等方面的信息。使用时应结合项目记录中的原始说明进行判断。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB126089
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本实验旨在表征乳腺癌中与不同淋巴结转移倾向相关的肿瘤微环境细胞状态。分析了来自14例患者的FFPE原发乳腺肿瘤标本，包括7例侵袭性病例（原发肿瘤≤2 cm且≥4个转移淋巴结）和7例温和病例（原发肿瘤≥3.5 cm且无淋巴结受累）。使用snRandom-seq工作流程生成单核转录组文库，该流程基于随机引物进行RNA捕获，并在Illumina NovaSeq 6000平台上测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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