基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人乳腺癌细胞系MDAMB231敲低剪接因子SRSF7和SMNDC1的RNA seq

该数据集为BioProject收录的人乳腺癌细胞系MDAMB231在敲低剪接因子SRSF7和SMNDC1后的RNA seq数据，来源为NCBI。数据集英文名称为PRJEB107273: RNA seq of human breast cancer cell line MDAMB231 with knockdown of splicing factors SRSF7 and SMNDC1，源站标题为RNA seq of human breast cancer cell line MDAMB231 ... (ID 1485378) - BioProject - NCBI。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，来源站为ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为Other。整体而言，该数据集围绕特定乳腺癌细胞系中剪接因子敲低后的转录组测序展开，属于BioProject体系下的生物学数据集合。

【数据集背景】

该数据集来源于NCBI BioProject，源站描述指出，BioProject是与单一研究计划相关的生物数据集合，这些数据来自单一组织或联盟。BioProject记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。数据集英文名称明确指向人乳腺癌细胞系MDAMB231，并涉及剪接因子SRSF7和SMNDC1的敲低处理。源站标题同样指向该细胞系及上述剪接因子敲低条件下的RNA seq。关于该研究计划的具体组织背景、联盟信息或更详细的研究目标，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容为RNA seq数据，研究对象为人乳腺癌细胞系MDAMB231，实验条件为敲低剪接因子SRSF7和SMNDC1。数据集英文名称和源站标题均明确体现了这一实验设计。主题标签为Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。关于测序的具体样本数量、测序平台、读长、重复数、对照设置、数据处理流程或基因表达定量结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，属于NCBI BioProject体系。源站描述说明BioProject记录提供用户单一入口，以查找该项目产生的多种数据类型。数据集英文名称中包含PRJEB107273，源站标题中包含ID 1485378。关于样本采集的具体时间、地点、操作流程、伦理审批信息或细胞系来源等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肿瘤 / 乳腺癌相关的研究场景，尤其是涉及人乳腺癌细胞系MDAMB231以及剪接因子SRSF7和SMNDC1敲低后转录组分析的研究。由于主题标签为Other，且本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，该数据可用于探索剪接因子敲低对乳腺癌细胞基因表达的影响。关于该数据集在具体研究中的适用性验证、预期分析结果或与其他数据集的整合方式，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过NCBI BioProject体系获取，来源站为ncbi.nlm.nih.gov。源站描述指出，BioProject记录为用户提供单一入口，以便找到与该项目相关的多种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、访问权限、分析工具或处理步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为BioProject收录的RNA seq数据，涉及人乳腺癌细胞系MDAMB231在敲低剪接因子SRSF7和SMNDC1后的转录组。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、批次效应、技术偏差或生物学重复的一致性等，源站未提供。该数据集的主题标签为Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，但关于其具体限制条件、使用注意事项或潜在偏差，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，属于NCBI BioProject体系，数据集英文名称中包含PRJEB107273，源站标题中包含ID 1485378。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB107273

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB107273

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为研究siRNA介导的SRSF7或SMNDC1敲低对三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231转录组的影响，我们进行了深度RNA测序。将总共3000万个MDA-MB-231细胞接种于6孔板中。次日，使用靶向SRSF7、SMNDC1的siKinasePool siRNA或模拟对照转染细胞。转染后72小时收集三个生物学重复的样本。使用RNeasy Plus Mini Kit（Qiagen）提取总RNA。制备链特异性PolyA选择文库，并在DNBseq平台上进行测序，在DNBSEQ-G400测序仪（BGI Europe）上生成150 bp双端读长。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别