基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

MiTo：通过线粒体单细胞多组学追踪体细胞谱系的表型演化

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 MiTo 项目，英文名称为 PRJEB101811: MiTo: tracing the phenotypic evolution of somatic cell lineages via mitochondrial single-cell multi-omics。其核心主题是通过线粒体单细胞多组学手段，追踪体细胞谱系的表型演化过程。本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Other。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 MiTo (ID 1355610) - BioProject - NCBI。作为一个 BioProject 记录，它汇集了与单一研究计划相关的多种生物数据，为用户提供统一入口以查找该项目所产生的不同类型数据。整体而言，该数据集面向体细胞谱系表型演化研究，结合线粒体与单细胞多组学技术，具有明确的肿瘤学尤其是乳腺癌方向的分类指向。

【数据集背景】

该数据集属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，其记录为用户提供单一位置，以便找到该项目所产生的多种数据类型。MiTo 项目以线粒体单细胞多组学为核心方法，旨在追踪体细胞谱系的表型演化。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类，表明该数据集在应用方向上与肿瘤学、特别是乳腺癌研究存在关联。主题标签为 Other，说明其在源站的主题分类中未被归入更具体的常见类别。源站未提供该项目的具体研究机构、联盟名称或资助信息。

【数据内容】

该数据集为 BioProject 收录的 MiTo 项目，其描述主题为通过线粒体单细胞多组学追踪体细胞谱系的表型演化。BioProject 记录本身并不直接等同于某一类单一数据，而是提供指向该项目所生成的不同数据类型的链接入口。因此，该数据集的内容涵盖与 MiTo 项目相关的多种生物数据，具体的数据类型、样本数量、组学层次、文件格式及数据规模等细节，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Other，这些分类信息可作为理解数据内容方向的参考，但不代表数据集中包含具体的乳腺癌样本或临床信息。源站未提供该项目的具体数据组成清单。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 MiTo (ID 1355610) - BioProject - NCBI。其英文名称为 PRJEB101811: MiTo: tracing the phenotypic evolution of somatic cell lineages via mitochondrial single-cell multi-omics。作为 BioProject 记录，其数据来源于单一研究计划或由单一组织、联盟发起。源站描述指出，BioProject 记录提供用户单一位置以查找该项目生成的多种数据类型。关于具体的样本采集方式、采集地点、时间范围、伦理审批信息以及原始数据产生平台等，源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题，其适用场景可能包括体细胞谱系表型演化研究、线粒体单细胞多组学方法的应用探索，以及肿瘤 / 乳腺癌方向的相关分析。由于本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌，该数据集可能适用于与乳腺癌相关的体细胞演化、谱系追踪或线粒体基因组变异研究。此外，作为 BioProject 记录，它也可用于查找和链接该项目所产生的多种数据类型，便于研究者获取同一项目下的不同数据资源。主题标签为 Other，表明其应用场景不局限于某一特定细分标签。源站未提供该数据集的具体适用场景说明或推荐用途。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 体系进行访问，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 MiTo (ID 1355610) - BioProject - NCBI。用户可通过 BioProject 记录提供的单一入口，查找指向该项目所生成的不同数据类型的链接。英文名称 PRJEB101811 可作为该项目的标识符用于检索。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Other，用户可据此在相应分类下定位该数据集。关于具体的数据下载方式、访问权限、所需工具、分析流程或使用协议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其质量与限制取决于源站 BioProject 体系的管理规范以及该项目自身的数据提交情况。BioProject 记录提供用户单一位置以查找多种数据类型，但记录本身不保证所有关联数据的完整性、一致性或可直接使用性。本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，主题标签为 Other，这些分类信息可能随源站更新而变化。该数据集的具体数据质量指标、质控标准、批次效应、样本代表性、技术偏差以及使用限制等，源站未提供。用户在使用时应自行评估数据适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 MiTo (ID 1355610) - BioProject - NCBI，英文名称为 PRJEB101811: MiTo: tracing the phenotypic evolution of somatic cell lineages via mitochondrial single-cell multi-omics。作为 BioProject 记录，其引用方式通常应遵循 NCBI BioProject 的引用规范，并注明项目标识符 PRJEB101811 或 BioProject ID 1355610。关于该数据集的具体许可协议、使用条款、引用格式要求以及是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。用户应直接访问源站页面以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB101811

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB101811

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

线粒体单细胞谱系追踪（MT-scLT）近期已成为一种可扩展且非侵入性的体细胞谱系追踪工具。然而，MT-scLT的可靠性和分辨率仍备受争议。在此，我们提出MiTo，这是首个用于稳健MT-scLT数据分析的端到端框架。在与新型（375–2,757个细胞；8–216个慢病毒克隆）和已发表的真实世界数据集进行基准测试时，MiTo在MT-scLT数据预处理和克隆推断方面优于最先进的方法和基线。应用于乳腺癌演化的时间分辨数据集（>2,500个细胞）时，MiTo准确推断了真实细胞谱系（ARI=0.94）和细胞状态转变，检测到克隆适应度标记，并量化了基因调控网络的遗传力。通过比较替代谱系标记，MiTo量化了现有MT-scLT系统的分辨率极限，该系统目前能够可靠推断粗粒度细胞祖先，但无法进行高分辨率系统发育推断。总之，这项工作为利用单细胞多组学解析体细胞演化提供了稳健的工具和实践指南。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别