三阴性乳腺癌神经周围侵犯样本空间转录组数据
该数据集为三阴性乳腺癌伴神经周围侵犯样本的空间转录组数据，来源于 NCBI BioProject 数据库，项目编号 PRJDB42031（PRJCA048374），物种为 Homo sapiens
基本信息
资源简介
三阴性乳腺癌神经周围侵犯样本空间转录组数据
该数据集为三阴性乳腺癌伴神经周围侵犯样本的空间转录组数据，来源于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 PRJDB42031（PRJCA048374），物种为 Homo sapiens。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录，这些数据来自单一机构或联盟，BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 乳腺癌方向，主题标签为 Other，其核心价值在于将空间转录组技术应用于三阴性乳腺癌伴神经周围侵犯这一特定临床病理场景，为研究者提供该样本在空间维度上的基因表达信息，有助于从组织空间结构层面理解肿瘤与神经微环境之间的相互关系。
【数据集背景】
三阴性乳腺癌是乳腺癌中侵袭性较强、治疗选择相对有限的亚型，而神经周围侵犯是肿瘤侵袭周围神经结构的病理现象，常与不良预后相关。将空间转录组技术应用于此类样本，可以在保留组织空间位置信息的前提下观察基因表达分布，从而弥补传统转录组测序丢失空间信息的不足。该数据集正是围绕这一研究目标而建立的 BioProject 记录，项目编号为 PRJDB42031，同时标注为 PRJCA048374，物种为 Homo sapiens。
【数据内容】
该数据集的内容为三阴性乳腺癌伴神经周围侵犯样本的空间转录组数据。空间转录组数据的通用特点是在获取转录组表达信息的同时保留其在组织切片上的空间坐标，因此可用于分析不同组织区域、不同细胞群落在空间上的表达差异。该数据集的主题标签为 Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、基因数量、数据文件格式等更细化的内容。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题显示为 Homo sapiens（ID 1461786）- BioProject - NCBI。BioProject 作为生物数据集合记录，其作用是把同一研究计划下产生的多种数据类型链接汇集到单一记录中，方便用户检索与访问。该数据集的项目编号为 PRJDB42031，括号内标注 PRJCA048374，物种为 Homo sapiens。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体实验流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学、乳腺癌特别是三阴性乳腺癌相关研究，也适用于关注神经周围侵犯机制的探索性分析。由于是空间转录组数据，其典型用途包括：在组织空间背景下考察基因表达的区域差异，分析肿瘤细胞与周围神经、免疫或其他微环境成分的空间关系，以及为后续假设生成提供数据基础。该数据集的主题标签为 Other，本站分类为肿瘤 / 乳腺癌，因此也可作为乳腺癌空间转录组研究的数据资源之一。关于该数据集是否适用于特定分析流程或特定临床问题，源站未提供明确说明。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，用户可依据项目编号 PRJDB42031（PRJCA048374）在 BioProject 记录中查找该项目所链接的多种数据类型。BioProject 记录的设计目的即在于为用户提供一个统一入口，以便定位同一研究计划下的相关数据。关于数据的具体下载方式、文件组织格式、是否需要专用分析软件或流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，其描述强调 BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的集合，来自单一机构或联盟。该记录本身提供的是数据链接入口，而非对数据质量的评价。关于该数据集的测序深度、数据完整性、批次效应、样本代表性等质量指标，源站未提供。该数据集仅涉及三阴性乳腺癌伴神经周围侵犯样本，样本范围有限，结论外推需谨慎。其他限制信息源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的项目编号为 PRJDB42031（PRJCA048374），引用时应指向该 BioProject 记录。关于该数据集的许可条款、使用限制、是否需要获得授权以及推荐引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB42031
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该三阴性乳腺癌样本包含由10x Genomics Visium HD生成的空间转录组学数据。样本采集自复旦大学附属肿瘤医院（FUSCC）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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