Georgia队列原发性乳腺癌FFPE组织在定制乳腺癌DASL panel上的分子特征
该数据集来自omicsdi.org，收录143例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的原发性乳腺肿瘤样本，使用定制乳腺癌panel与人癌症panel在DASL平台上进行分子分析
基本信息
资源简介
Georgia队列原发性乳腺癌FFPE组织在定制乳腺癌DASL panel上的分子特征
该数据集名为“Molecular characterization of Georgia cohort of primary breast cancer FFPE tissues on custom breast cancer DASL panel”，收录于omicsdi.org，归类为肿瘤/乳腺癌方向，主题标签为转录组学（Transcriptomics）。数据集围绕143例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的原发性乳腺肿瘤样本展开，采用定制乳腺癌panel与人癌症panel在DASL平台上进行分子分析，旨在比较病理学定义的不同乳腺癌亚型之间的分子标志物，以探索各亚型潜在的治疗靶点。样本构成包括101例三阴性乳腺癌（TN：ER-、PR-、HER2-）、3例HER2阳性乳腺癌（HER2+：ER-、PR-、HER2+）以及39例激素受体阳性乳腺癌（HR+：ER+和/或PR+）。该数据集为乳腺癌亚型分子特征研究提供了基于FFPE组织的转录组层面资料。
【数据集背景】
乳腺癌在临床与病理上通常依据雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）的表达状态划分为不同亚型，不同亚型在生物学行为和治疗策略上存在差异。该数据集正是针对病理学定义的原发性乳腺癌亚型开展分子层面刻画，试图在亚型之间识别分子标志物，并据此提出各亚型特异的潜在治疗靶点假设。研究聚焦于来自Georgia队列的原发性乳腺癌FFPE组织，采用DASL平台结合定制乳腺癌panel与人癌症panel进行检测，体现了在常规存档病理样本上开展转录组分析的研究思路。
【数据内容】
数据集覆盖143例原发性乳腺肿瘤样本的分子分析结果，样本按受体状态分为三组：三阴性乳腺癌101例（ER-、PR-、HER2-）、HER2阳性乳腺癌3例（ER-、PR-、HER2+）、激素受体阳性乳腺癌39例（ER+和/或PR+）。检测使用定制乳腺癌panel与人癌症panel，在DASL平台上完成，属于转录组学范畴。分析目标为评估病理学定义亚型之间的分子标志物，并据此形成亚型特异性潜在治疗靶点的假设。除上述样本数量、亚型构成、panel与平台信息外，源站未提供具体的基因列表、表达矩阵规模或标志物名称等细节。
【采集与来源】
数据集来源于omicsdi.org。样本为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的原发性乳腺肿瘤组织，属于存档病理样本类型。样本队列被描述为Georgia队列。检测平台为DASL，所用panel为定制乳腺癌panel与人癌症panel。关于样本采集时间、机构、伦理审批及临床随访信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌亚型分子特征的探索性研究，尤其是基于FFPE存档组织的转录组分析；可用于比较三阴性、HER2阳性与激素受体阳性乳腺癌之间的分子标志物差异，支持亚型特异性治疗靶点的假设生成。同时，由于样本以三阴性乳腺癌为主（101/143），该数据也适合围绕三阴性乳腺癌的分子刻画开展二次分析。需要强调的是，其定位是假设提出而非验证性结论。关于其他具体应用场景，源站未提供。
【使用方法】
使用时应依据受体状态分组（TN、HER2+、HR+）进行亚型间比较，围绕panel所覆盖的分子标志物开展差异分析，以复现或拓展源站所述的标志物评估与靶点假设。由于检测在DASL平台上完成且使用定制panel，分析时需注意panel覆盖范围对结果解释的约束。关于数据文件格式、下载方式、预处理流程与标准化方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于FFPE组织，此类样本的核酸质量通常受固定与包埋过程影响，但源站未提供具体的RNA质量或质控指标。样本亚型分布明显不均衡，HER2阳性组仅3例，相关亚型间比较的统计效力有限。数据定位为分子标志物评估与治疗靶点假设生成，并非确证性研究。关于批次信息、缺失值、重复样本及平台技术重复等质量控制细节，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、原始文献、数据许可与使用条款，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-18539
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
使用定制乳腺癌检测板（Custom Breast Cancer Panel）和人癌症检测板（Human Cancer Panel）对143例福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的原发性乳腺肿瘤进行DASL平台分析。评估了病理学定义的乳腺癌亚型之间的分子标志物，以推测针对这些亚型特异的潜在治疗靶点。对143例原发性乳腺癌进行了分子特征分析，包括101例三阴性（TN：ER-、PR-、HER2-）、3例HER2阳性（HER2+：ER-、PR-、HER2+）和39例激素受体阳性（HR+：ER+和/或PR+）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
