MiR-374a 促进乳腺癌上皮-间质转化与转移(mRNA 数据集)

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。实验旨在评估乳腺癌细胞中 miR-374a 转导后的基因表达改变,并发现 Wnt/β-catenin 信号转录靶点显著升高

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MiR-374a Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Metastasis of Breast Cancer (mRNA dataset)

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创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

MiR-374a 促进乳腺癌上皮-间质转化与转移(mRNA 数据集)

该数据集英文名为 MiR-374a Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Metastasis of Breast Cancer (mRNA dataset),属于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics,来源站为 omicsdi.org。实验旨在评估乳腺癌细胞中 miR-374a 转导后的基因表达改变,并发现 Wnt/β-catenin 信号转录靶点显著升高。研究对象为稳定转导 miR-374a 前体或载体对照的 MCF-7 乳腺癌细胞,每种处理设置两个生物学重复。整体来看,该数据集围绕 miR-374a 在乳腺癌细胞中的转录组影响展开,可用于关注上皮-间质转化、转移及 Wnt/β-catenin 信号相关基因表达变化的研究场景。

【数据集背景】

该数据集聚焦于乳腺癌中 miR-374a 的作用机制研究。实验设计的目标是评估 miR-374a 转导后乳腺癌细胞发生的基因表达改变。根据源站描述,研究观察到 Wnt/β-catenin 信号通路的转录靶点出现显著升高。这一背景将数据集置于肿瘤/乳腺癌研究方向,并与上皮-间质转化(EMT)和转移等生物学过程相关联。主题标签为 Transcriptomics,说明其核心数据属于转录组层面。该数据集来自 omicsdi.org,属于该来源站收录的乳腺癌相关转录组数据之一。

【数据内容】

数据内容为 mRNA 表达相关数据,来源于稳定转导 miR-374a 前体或载体对照的 MCF-7 乳腺癌细胞。实验比较了 miR-374a 转导组与载体对照组之间的基因表达变化。源站描述指出,实验中观察到 Wnt/β-catenin 信号转录靶点显著升高。每种处理设置两个生物学重复,即 miR-374a 前体组和载体对照组各有两个生物学重复。除上述信息外,源站未提供更详细的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。实验材料为 MCF-7 乳腺癌细胞,细胞经过稳定转导,分别导入 miR-374a 前体或载体对照。总 RNA 从这些细胞中提取,用于后续转录组分析。实验设计包含两种处理条件,每种条件两个生物学重复。除这些信息外,源站未提供关于采集平台、测序方式、样本处理细节或数据生成流程的更多说明。

【适用场景】

该数据集适用于研究乳腺癌细胞中 miR-374a 过表达或转导后基因表达变化的场景,尤其适合关注 Wnt/β-catenin 信号通路转录靶点变化的研究。由于数据集与上皮-间质转化(EMT)和转移相关,也可用于探索 miR-374a 在乳腺癌 EMT 和转移过程中的潜在转录组影响。主题标签为 Transcriptomics,因此适用于转录组层面的差异表达分析、通路富集分析或信号通路相关基因筛选等通用研究用途。具体适用性仍需结合源站未提供的实验细节进行判断。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。通常转录组数据可用于差异表达比较、通路水平分析或候选基因筛选,但针对该数据集的具体分析流程、标准化方式、统计方法及数据格式,源站未提供。使用者如需使用,应参考来源站 omicsdi.org 上该数据集的原始页面或相关说明。由于源站描述仅提及实验设计和观察结果,未给出数据处理或分析步骤,因此无法进一步说明其使用方法。

【质量与限制】

该数据集每种处理设置两个生物学重复,这一重复数量在转录组实验中相对有限,可能影响差异表达分析的统计效力。源站描述中未提供关于测序深度、数据质量、批次效应、归一化方法或验证实验的信息。实验仅基于 MCF-7 乳腺癌细胞,未提及是否在其他细胞系或体内模型中验证。因此,基于该数据集得出的结论应结合其细胞模型和重复设置谨慎解读。除源站描述外,未提供其他质量控制或限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用与许可信息。该数据集来自 omicsdi.org,但关于如何引用、使用许可、数据共享协议或版权归属等内容,源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集,应查阅来源站 omicsdi.org 上该数据集的原始页面以获取相关许可和引用要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39356

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本实验旨在评估乳腺癌细胞中转导miR-374a后基因表达的改变。我们发现Wnt/β-catenin信号通路的转录靶点显著升高。从稳定转导miR-374a前体或空载体对照的MCF-7乳腺癌细胞中提取总RNA。每种处理有两个生物学重复。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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