MiR-374a 促进乳腺癌上皮-间质转化与转移(miRNA 数据集)

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。实验旨在筛选乳腺癌转移过程中表达失调的 miRNA,通过比较亲本 MDA-MB-435 细胞与其肺转移灶来源细胞中的 miRNA,发现 23 个差异表达 miRNA,其中 12 个上调、11 个下

omicsdi
浏览 4
基因组分类Transcriptomics
MiR-374a Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Metastasis of Breast Cancer (miRNA dataset)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

MiR-374a 促进乳腺癌上皮-间质转化与转移(miRNA 数据集)

该数据集英文名为 MiR-374a Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Metastasis of Breast Cancer (miRNA dataset),在来源站 omicsdi.org 上归类于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。实验的核心目标是筛选乳腺癌转移过程中表达失调的 miRNA。研究者通过比较亲本 MDA-MB-435 细胞与由其肺转移灶获得的细胞中的 miRNA 表达情况,发现共有 23 个 miRNA 存在差异表达,其中 12 个表达上调、11 个表达下调。样本方面,总 RNA 分别提取自亲本 MDA-MB-435 细胞以及接种 30 天后获得的肺转移灶来源细胞,每种处理设置两个生物学重复。该数据集为研究乳腺癌转移相关的 miRNA 调控机制提供了转录组层面的实验依据。

【数据集背景】

乳腺癌转移是导致患者预后不良的重要原因,而微小 RNA(miRNA)在肿瘤转移过程中常发挥重要调控作用。该实验正是围绕这一背景设计,旨在系统筛选乳腺癌转移过程中表达发生失调的 miRNA。研究以亲本 MDA-MB-435 细胞及其肺转移灶来源细胞为对比对象,试图揭示与转移相关的 miRNA 表达变化。该数据集属于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics,来源于 omicsdi.org。

【数据内容】

该数据集记录的是 miRNA 表达层面的比较分析结果。实验对亲本 MDA-MB-435 细胞与由其肺转移灶获得的细胞进行 miRNA 比较分析,共鉴定出 23 个差异表达的 miRNA。其中,12 个 miRNA 表达升高,11 个 miRNA 表达降低。这些差异表达 miRNA 构成了该数据集的核心内容,反映了乳腺癌细胞在转移过程中 miRNA 表达谱的变化。除上述差异表达数量及上下调分布外,源站未提供更多关于具体 miRNA 名称、表达倍数或统计显著性等细节。

【采集与来源】

样本采集方面,总 RNA 分别提取自亲本 MDA-MB-435 细胞和接种 30 天后获得的肺转移灶来源细胞。实验设计包含两个生物学重复,即每种处理均有两个生物学重复。该数据集来源于 omicsdi.org,属于肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为 Transcriptomics。除上述采集与来源信息外,源站未提供关于测序平台、建库方法、试剂来源或数据处理流程的更多内容。

【适用场景】

该数据集适用于乳腺癌转移相关 miRNA 的筛选与比较研究,尤其适合关注上皮-间充质转化(EMT)及转移过程中 miRNA 表达失调的研究者。通过比较亲本细胞与肺转移灶来源细胞的 miRNA 表达差异,可为后续验证特定 miRNA 在乳腺癌转移中的功能提供候选列表。此外,该数据集也可用于转录组层面的差异表达分析方法的参考,或作为乳腺癌转移 miRNA 研究中的对照或补充数据。但具体适用场景需结合源站未提供的实验细节进一步判断。

【使用方法】

该数据集的使用应围绕其核心内容展开,即比较亲本 MDA-MB-435 细胞与肺转移灶来源细胞之间的 miRNA 差异表达。研究者可依据 23 个差异表达 miRNA(12 个上调、11 个下调)进行后续分析,例如筛选目标 miRNA 进行功能验证或机制研究。由于每种处理设有两个生物学重复,分析时需考虑重复间的变异。关于数据的具体获取方式、文件格式、预处理步骤及分析工具,源站未提供,需参考来源站 omicsdi.org 的原始记录。

【质量与限制】

该实验设置了两个生物学重复,有助于初步评估差异表达的可靠性。差异表达 miRNA 的数量和上下调分布明确,即 23 个差异表达 miRNA 中 12 个上调、11 个下调。然而,源站未提供关于测序深度、数据质量控制指标、统计分析方法、显著性阈值或验证实验的信息。此外,该数据集仅基于 MDA-MB-435 细胞及其肺转移灶来源细胞的比较,样本类型和重复数量有限,结论的外推需谨慎。其他质量相关细节源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为 MiR-374a Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) and Metastasis of Breast Cancer (miRNA dataset),来源站为 omicsdi.org。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或原始文献信息,源站未提供。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39358

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本实验旨在筛选乳腺癌转移过程中失调的miRNAs。通过对比分析亲本MDA-MB-435细胞与其肺转移灶来源细胞中的miRNAs,发现23种miRNAs表达存在差异,其中12种上调,11种下调。接种30天后,从亲本MDA-MB-435细胞及其肺转移灶获取的细胞中提取总RNA。每种处理进行两次生物学重复。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。