MicroRNA-182-5p 靶向 DNA 修复相关基因网络

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-38593

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MicroRNAs是基因表达的非编码调控因子，通过抑制蛋白质翻译和/或降解mRNA发挥作用。许多MicroRNAs已被证实能驱动癌症中的肿瘤发生，但理解其作用模式的功能研究通常局限于单个靶基因。在本研究中，我们使用合成的生物素化miRNA来下拉miR-182的内源性靶标。我们鉴定出超过1000个基因作为miR-182的潜在靶标，其中大多数在肿瘤生物学相关通路中具有已知功能。具体而言，功能富集分析发现DNA损伤应答通路和细胞周期的组分在该靶标集合中高度富集。实验验证证实，miR-182介导的同源重组（HR）通路破坏是其靶向该通路中多个组分的能力所致。尽管细胞周期本体存在强烈富集，但我们未观察到miR-182过表达导致的直接生物学效应。我们重点指出了可能负责miR-182介导的其他生物学过程破坏的靶标，这些过程迄今已在文献中被归因于miR-182。

最后，我们展示miR-182在一组人类乳腺癌样本中高表达，突显其作为乳腺癌潜在致癌miRNA的作用。将生物素化的miR-182或模拟对照转染至HEK293T细胞中。利用链霉亲和素下拉miRNA和目标mRNA，并与对照组进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。