患者来源乳腺癌异种移植模型中胆碱代谢物与基因的相互作用
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦乳腺癌中失调的胆碱代谢机制。研究对34例患者来源异种移植模型的肿瘤标本进行分割，分别采用高分辨率魔角旋转磁共振波谱和基因表达微阵列分析，并将胆碱代谢通路基因表达数据与胆碱、磷酸胆碱、甘油磷酸胆碱水平进行Pearson相关分析，同时收集人类乳腺肿瘤数据用于比较
基本信息
资源简介
患者来源乳腺癌异种移植模型中胆碱代谢物与基因的相互作用
该数据集聚焦乳腺癌中失调的胆碱代谢机制，来源于omicsdi.org，属于肿瘤/乳腺癌分类，主题标签为Transcriptomics。研究针对患者来源异种移植模型，将肿瘤标本分割后分别进行高分辨率魔角旋转磁共振波谱分析和基因表达微阵列分析，以探讨胆碱代谢通路基因表达与胆碱、磷酸胆碱、甘油磷酸胆碱水平之间的关系。研究共纳入34例患者来源异种移植模型，并采用Pearson相关分析评估代谢物水平与基因表达数据的相关性。同时，为进行比较，还收集了人类乳腺肿瘤的代谢与基因表达数据。该数据集有助于从代谢组与转录组整合角度理解乳腺癌胆碱代谢失调的潜在机制。
【数据集背景】
胆碱代谢失调是乳腺癌中已知的重要特征，但其潜在机制尚未被完全理解。该数据集围绕这一背景，通过患者来源异种移植模型，结合代谢组学和转录组学特征，重点刻画胆碱代谢相关基因表达与代谢物水平之间的关系。研究还纳入人类乳腺肿瘤数据用于比较，以增强对乳腺癌胆碱代谢异常机制的认识。
【数据内容】
该数据集包含来自34例患者来源异种移植模型的肿瘤标本数据。每例肿瘤标本被分为两部分：一部分用于高分辨率魔角旋转磁共振波谱分析，另一部分用于基因表达微阵列分析。分析内容包括胆碱代谢通路中编码蛋白的基因表达数据，以及胆碱、磷酸胆碱和甘油磷酸胆碱的水平。研究进一步使用Pearson相关分析，将上述基因表达数据与三种胆碱相关代谢物水平进行关联分析。此外，还收集了人类乳腺肿瘤的代谢和基因表达数据，用于比较目的。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。肿瘤标本来自34例患者来源异种移植模型，采集后分为两份，分别用于高分辨率魔角旋转磁共振波谱分析和基因表达微阵列分析。代谢物检测聚焦胆碱、磷酸胆碱和甘油磷酸胆碱；基因表达分析聚焦胆碱代谢通路相关基因。为进行比较，还收集了人类乳腺肿瘤的代谢与基因表达数据。源站描述未提供更具体的采集时间、地点、伦理审批或样本处理细节。
【适用场景】
该数据集适用于乳腺癌胆碱代谢机制研究，尤其是结合代谢组与转录组数据探索胆碱代谢通路基因表达与胆碱、磷酸胆碱、甘油磷酸胆碱水平之间相关性的场景。也可用于患者来源异种移植模型的代谢与基因表达整合分析，以及与人乳腺肿瘤数据进行比较研究。主题标签为Transcriptomics，表明其可支持转录组学相关分析。其他具体应用场景源站未提供。
【使用方法】
该数据集的使用可围绕以下分析路径展开：获取34例患者来源异种移植模型的代谢组与基因表达数据；提取胆碱代谢通路相关基因的表达数据；将基因表达数据与胆碱、磷酸胆碱、甘油磷酸胆碱水平进行Pearson相关分析；结合人类乳腺肿瘤数据进行对比。源站未提供具体的数据格式、下载方式、预处理步骤、软件工具或代码示例。
【质量与限制】
源站描述未提供关于数据质量、样本量统计效力、缺失值、批次效应、技术重复或验证实验的具体信息。该数据集基于34例患者来源异种移植模型，并包含人类乳腺肿瘤比较数据，但源站未说明这些数据的规模、来源细节或质量控制指标。因此，关于数据质量的进一步判断以及使用限制的详细说明，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用信息、许可协议、使用条款或版权说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44666
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胆碱代谢失调是乳腺癌的一个众所周知的特征，但其潜在机制尚未完全明了。本研究对大量人乳腺癌异种移植模型的代谢组学和转录组学特征进行了描绘，重点关注胆碱代谢。方法：收集了34个患者来源异种移植模型的肿瘤标本，并将其分为两部分。一部分使用高分辨率魔角旋转（HR-MAS）磁共振波谱进行分析，另一部分则使用基因表达微阵列进行分析。对胆碱代谢途径中编码蛋白质的基因表达数据进行了分析，并使用皮尔逊相关分析与胆碱（Cho）、磷酸胆碱（PCho）和甘油磷酸胆碱（GPC）的水平相关联。为了比较目的，从属于相应分子亚型的人类乳腺肿瘤中收集了代谢和基因表达数据。结果：大多数异种移植模型被分类为基底样型（N=19）或管腔B型（N=7）。这两个亚型显示出显著不同的胆碱代谢和基因表达谱。
luminal B异种移植瘤的特征是高PCho/GPC比值，而基底样异种移植瘤的特征是PCho/GPC比值高度可变。此外，Cho、PCho和GPC水平与胆碱代谢途径中编码蛋白质的若干基因表达相关，包括胆碱激酶α（CHKA）和含甘油磷酸二酯磷酸二酯酶结构域5（GDPD5）。这些特征与在人类肿瘤样本中发现的特征相似。讨论：与大多数基底样乳腺癌异种移植模型和人类组织样本相比，luminal B中发现的较高PCho/GPC比值与体外研究观察到的结果不一致。体内胆碱代谢的调节很可能受微环境因素的影响。在luminal中，Cho、PCho和GPC与不同的胆碱途径编码基因相关。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
