侵袭性乳腺癌、前列腺癌和肺癌中整合的SV40 T/t抗原癌症特征与不良预后 2

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8663

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理解区分人类癌症亚群的癌症通路遗传结构，对于开发基于肿瘤分子表达谱更精准靶向肿瘤的新疗法至关重要。在本研究中，我们从多种上皮癌转基因模型中鉴定出一个整合的基因特征，该特征与猿猴病毒40 T/t抗原的功能内在相关，并与多种人类上皮肿瘤的生物学行为和预后相关。这一基因特征主要由调控细胞复制、增殖、DNA修复和凋亡的基因组成，并非一种普遍性的癌症特征。相反，它主要在p53、Rb或BRCA1表达异常的肿瘤中被独特激活，而在通过myc、ras、her2/neu或Polyoma middle T癌基因过表达所引发的肿瘤中则不被激活。重要的是，表达这组基因的人类乳腺、肺和前列腺肿瘤代表了最具侵袭性表型且预后不良的肿瘤亚群。T/t抗原特征对人类乳腺癌预后具有高度预测价值。

由于这类上皮性肿瘤通常对现有的标准疗法难以奏效，因此这一基因特征识别出了针对这些致命癌症的新型疗法的潜在靶点。由于这些基因靶点是通过乳腺、前列腺和肺T/t抗原小鼠癌症模型发现的，因此这些模型是用于针对这些具有重要生物学意义的靶点进行疗法临床前测试的合理候选模型。关键词：基因工程小鼠（GEM）癌症模型、上皮癌、SV40 T/t抗原、生存预测因子。将SV40 T/t抗原小鼠模型的基因表达谱就标本类型（正常组织与肿瘤组织）、肿瘤位置（乳腺、肺、前列腺、精囊）以及小鼠背景品系（FVB与C57BL/6）进行了比较。采用包含一个交互效应（类型X）的三因素方差分析模型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。