磷酸二酯酶5型表达升高促进乳腺癌细胞侵袭潜能:靶向治疗意义

该数据集来自omicsdi.org,聚焦乳腺癌中磷酸二酯酶5型(PDE5)表达及其促进细胞侵袭的分子机制研究。数据涵盖八种乳腺癌细胞系的PDE5表达检测、MCF-7细胞过表达PDE5后的增殖、迁移与侵袭表型实验,以及RNA测序鉴定的差异表达基因

omicsdi
浏览 7
基因组分类Transcriptomics
Increased Expression of Phosphodiesterase Type 5 Promotes the Invasive Potential of Breast Cancer Cells: Implications for Targeted Therapy.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

磷酸二酯酶5型表达升高促进乳腺癌细胞侵袭潜能:靶向治疗意义

该数据集围绕乳腺癌中磷酸二酯酶5型(PDE5)的表达及其促进细胞侵袭的分子机制展开,来源于omicsdi.org,归类于肿瘤/乳腺癌方向,主题标签为转录组学。研究旨在考察PDE5在乳腺癌中的临床意义及其推动乳腺癌进展的潜在分子机制,并鉴于PDE5是已知的可成药靶点,探讨其作为靶向治疗依据的可能性。数据覆盖八种乳腺癌细胞系的PDE5表达检测、MCF-7细胞稳定过表达PDE5后的增殖、迁移与侵袭表型实验,以及通过RNA测序鉴定的差异表达基因,为理解PDE5在乳腺癌侵袭行为中的作用提供了实验与转录组层面的资料。

【数据集背景】

PDE5通过催化环鸟苷酸(cGMP)的水解,成为其浓度及在不同(病理)生理过程中生物学效应的关键调节因子,这些过程包括癌症。由于PDE5是已知的可成药靶点,相关研究关注其在乳腺癌中的表达临床意义以及可能促进乳腺癌进展的分子机制。该数据集即在这一研究背景下产生,聚焦PDE5表达升高与乳腺癌细胞侵袭潜能之间的关系,并指向靶向治疗的意义。

【数据内容】

数据内容包括多个层面:其一,对八种乳腺癌细胞系进行RT-PCR和免疫印迹分析,以获得PDE5表达情况;其二,选择PDE5表达水平最低的MCF-7细胞,通过工程化手段使其稳定过表达PDE5,用于考察PDE5对癌症表型的影响;其三,采用MTT法评估细胞增殖,采用伤口愈合、跨迁移和基于基质胶的侵袭实验评估细胞运动与侵袭能力;其四,通过RNA测序鉴定差异表达基因。主题标签为转录组学,与RNA测序部分相呼应。

【采集与来源】

该数据集来自omicsdi.org。源站描述显示,研究采用RT-PCR与免疫印迹分析检测八种乳腺癌细胞系中的PDE5表达,并以MCF-7细胞为对象构建稳定过表达PDE5的细胞模型,随后开展增殖、迁移和侵袭相关实验,并通过RNA测序识别差异表达基因。源站描述在“Clin”处截断,临床意义部分的完整内容源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与乳腺癌中PDE5表达及其细胞表型效应相关的研究场景,包括:比较不同乳腺癌细胞系中PDE5表达水平;利用过表达PDE5的MCF-7细胞模型研究增殖、迁移与侵袭表型变化;借助RNA测序获得的差异表达基因信息探索PDE5影响乳腺癌进展的分子机制;以及围绕PDE5作为可成药靶点探讨靶向治疗意义的分析。主题标签为转录组学,提示其可用于转录组层面的差异基因研究。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明,包括数据访问方式、文件格式、分析流程或复现实验的步骤等。使用者需依据源站的实际提供情况自行确认。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、样本量、测序深度、重复次数或验证程度的具体说明。源站描述在临床意义部分被截断,相关结论信息不完整。该数据集聚焦于细胞系层面的实验与RNA测序结果,源站未提供临床样本或患者队列相关信息,因此不能据此推断其临床转化结论。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

免费样本无法满足模型训练要求?千方提供经三甲医院脱敏、带病理回证与专家标注的商业级专病数据集。

使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-3801

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的:通过催化环磷酸鸟苷的水解,磷酸二酯酶(PDE)5是其在包括癌症在内的不同(病理)生理过程中浓度和生物效应的关键调节因子。鉴于PDE5是一个已知的可成药靶点,我们研究了其在乳腺癌中表达的临床意义及其可能促进乳腺癌进展的潜在分子机制。实验设计:采用RT-PCR和免疫印迹分析检测八种乳腺癌细胞系中PDE5的表达。为探究PDE5对癌症表型的影响,我们将表达PDE5水平最低的MCF-7细胞工程化改造为稳定过表达PDE5。通过MTT法评估细胞增殖,通过伤口愈合、跨迁移和基于Matrigel的侵袭实验评估运动性和侵袭能力。RNA测序鉴定了差异表达基因。通过组织免疫组化及Metabric队列的回顾性研究探讨了PDE5的临床相关性。结果:与luminal B样、HER2过表达型和基底样细胞相比,PDE5在luminal A型乳腺癌细胞(MCF-7)中表达水平较低。

稳定过表达PDE5的MCF-7细胞通过激活Rho家族GTPases表现出细胞运动性和侵袭能力增强。用选择性ROCK或PDE5抑制剂处理PDE5克隆后,完全恢复了对照细胞运动性较低和侵袭能力较弱的行为。在患者中,约85%的分析肿瘤实体中检测到PDE5表达,其中高级别肿瘤的染色强度最高。回顾性分析显示,较高的PDE5水平与较差的生存率相关。结论:PDE5表达增强了乳腺癌细胞的侵袭潜能,突显其作为一种具有预后意义的新型分子候选物以及乳腺癌治疗潜在靶点的作用。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?

公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。