三阴性乳腺癌中受体酪氨酸激酶AXL作为人miR-34a微RNA新靶点的鉴定（基因表达）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-21832

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

三阴性乳腺癌（TNBC）在组织学上的特征为缺乏激素受体雌激素和孕激素，并且HER-2免疫染色呈阴性。该疾病的侵袭性及缺乏靶向治疗选择具有高度的临床重要性。微小RNA（miRNAs）是一类长度为21至23个核苷酸的内源性非编码RNA，它们通过与mRNA转录本结合来调控基因表达，导致蛋白质翻译减少或mRNA降解。miRNAs表达失调现已成为许多人类癌症的标志。为了识别与三阴性乳腺癌基因型/表型生物学相关的miRNA/mRNA相互作用，我们最初进行了miRNA谱分析实验，以检测代表三阴性（MDA-MB-231）、ER+（MCF7）和HER-2过表达（SK-BR-3）组织型的细胞系模型中差异表达的miRNAs。我们发现，在MDA-MB-231细胞中，人miR-34a的表达量比所有细胞系的中位表达值低3倍以上，并通过多种miRNA/靶标预测算法确定AXL为其可能的mRNA靶标。

通过使用miR-34a模拟物的异位过表达实验，对miR-34a/AXL相互作用进行了功能表征。在报告基因检测中，miR-34a与AXL 3’UTR内的假定靶位点结合，影响荧光素酶表达。我们还观察到AXL mRNA降解和AXL蛋白水平下降，以及对AKT磷酸化的细胞信号传导效应和对细胞迁移的表型效应。最后，我们在细胞系和患者肿瘤样本中均呈现了miR-34a与AXL表达之间的负相关趋势。比较了在MDA-MB-231细胞中转染miR-34a模拟分子（代表两个不同供应商；Qiagen和Dharmacon）所导致的基因表达变化。MDA-MB-231细胞在6孔板中（600,000个细胞）转染了AllStar阴性对照

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。