人乳腺肿瘤核心样本 mRNA 芯片数据
该数据集来自 omicsdi.org,为原发人乳腺癌样本的总 RNA 基因表达分析,共包含八个样本。RNA 取自新鲜冷冻原发乳腺癌样本中肿瘤细胞密集区域,采用 Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B 芯片进行检测

基本信息
资源简介
人乳腺肿瘤核心样本 mRNA 芯片数据
Human Breast Tumor Cored Sample mRNA Array 是一个聚焦原发人乳腺癌基因表达分析的数据集,收录于 omicsdi.org,在分类上归属肿瘤 / 乳腺癌方向,主题标签为转录组学(Transcriptomics)。该数据集以八个原发人乳腺癌样本组成队列,对样本总 RNA 进行基因表达检测,所用平台为 Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B。样本取材于新鲜冷冻的原发乳腺癌组织,RNA 分离自其中肿瘤细胞密集的区域,因此数据反映的是肿瘤细胞富集区域内的转录活动。整体而言,该数据集规模不大但取材与检测环节指向明确,适合作为乳腺癌转录组研究的参考数据,用于了解原发肿瘤样本在芯片平台上的基因表达谱特征。
【数据集背景】
乳腺癌是肿瘤研究中的重要方向,转录组层面的基因表达分析是刻画肿瘤生物学特征的常用手段。该数据集以原发人乳腺癌为对象,围绕肿瘤样本的总 RNA 开展基因表达分析,属于转录组学范畴。其设计思路强调样本取材的针对性——从新鲜冷冻原发乳腺癌样本中选取肿瘤细胞密集区域分离 RNA,以减少非肿瘤成分对表达信号的干扰,从而使检测结果更能代表肿瘤细胞本身的基因表达状态。数据集共纳入八个样本,构成一个小型队列,为原发乳腺癌转录组研究提供了一个可直接使用的数据资源。
【数据内容】
数据集的核心内容是八个原发人乳腺癌样本的总 RNA 基因表达分析结果。检测对象为样本总 RNA,检测平台为 Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B 芯片。数据所覆盖的生物学材料来自新鲜冷冻的原发乳腺癌组织,且 RNA 分离自肿瘤细胞密集区域。围绕样本数量、样本类型、检测分子类型与检测平台,该数据集构成了一个以基因表达谱为主体的转录组数据集合,主题标签为 Transcriptomics。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。样本为原发人乳腺癌样本,取材自新鲜冷冻组织,并选取肿瘤细胞密集区域用于 RNA 分离;随后对总 RNA 进行基因表达分析,检测在 Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B 平台上完成。整个队列共八个样本。除上述信息外,源站未提供更详细的采集时间、地点、伦理审批及样本临床信息。
【适用场景】
基于其原发乳腺癌组织、肿瘤细胞密集区域取材以及总 RNA 表达检测的特点,该数据集可用于乳腺癌转录组层面的表达谱观察与比较分析,也可作为方法学参考,用于了解 Illumina HumanRef-8 v2 平台在乳腺癌样本上的数据形态。由于样本量为八个,该数据集更适合探索性分析、候选基因表达趋势的初步观察,或与其他乳腺癌表达数据配合使用。具体的分析用途需结合研究者自身设计,源站未提供针对特定应用场景的说明。
【使用方法】
使用该数据集时,可围绕八个样本的基因表达谱开展转录组分析,例如样本间表达模式的比较与描述性统计。由于数据来自肿瘤细胞密集区域的总 RNA,分析结果应理解为该取材区域内的表达特征。关于数据下载方式、文件格式、预处理流程与标准化方法,源站未提供,使用前需依据数据实际发布形式确认。涉及跨平台或跨数据集比较时,应注意检测平台为 Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B 这一事实。
【质量与限制】
该数据集样本量为八个,属于小型队列,统计效力与结论外推能力有限。取材限定于新鲜冷冻原发乳腺癌样本中的肿瘤细胞密集区域,这一策略有助于富集肿瘤细胞信号,但也意味着数据不代表肿瘤组织整体(包括间质等其他成分)的表达状况。源站未提供样本临床特征、批次信息、质控指标及数据完整性说明,相关质量评估需在使用时自行核实。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用或再分发前,应查阅 omicsdi.org 上该数据集对应的原始页面以确认引用要求与使用条款。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-38708
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
An eight sample cohort of primary human breast cancer sample total RNA gene expression analysis. Illumina HumanRef-8 v2 11223162_B Total RNA was isolated from tumor cell dense regions of fresh frozen primary breast cancer samples.
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




