三阴性乳腺癌癌前进展中miRNA-29c及其下游通路的调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE93740

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

关于三阴性乳腺癌（TNBC）的早期分子驱动因素，目前所知甚少，这使得识别高危女性以及开发用于预防的靶向治疗成为重大挑战。通过对基于TNBC细胞系的乳腺癌进展模型进行测序，我们发现miRNA-29c在TNBC肿瘤发生过程中逐渐丢失。支持miRNA-29c肿瘤抑制作用的证据是，我们发现其低水平预示患者总生存期较差，反之，在癌前细胞模型中异位表达miRNA-29c可抑制生长。miRNA-29c通过直接结合并调控TGFB诱导因子同源盒2（TGIF2）、cAMP反应元件结合蛋白5（CREB5）和V-Akt小鼠胸腺瘤病毒癌基因同源物3（AKT3）来发挥其生长抑制作用。miRNA-29c对这些基因靶点的调控似乎具有功能相关性，因为TGIF2、CREB5和AKT3能够挽救由癌前细胞中异位表达miRNA-29c所引起的细胞增殖和集落形成抑制。

AKT3是一个已知与乳腺癌相关的癌基因，作为原理验证，我们发现抑制磷酸肌醇3-激酶（PI3K）活性——一种位于AKT3上游的蛋白质——可抑制TNBC癌前细胞的增殖。我们通过研究miRNA-29c的调控探索了预防TNBC的其他机会，并发现DNA甲基化在TNBC肿瘤发生过程中对miRNA-29c的抑制起作用。与这些观察结果一致，我们发现5-氮杂胞苷可解除对miRNA-29c的抑制。总之，这些结果表明miRNA-29c的缺失在TNBC的早期发展中发挥关键作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。