晚期前列腺癌染色质松弛特征数据集 [FAIRE-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE73988

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转录因子（TF）结合模式的改变现已被认为是包括前列腺癌和乳腺癌在内的许多侵袭性癌症的标志性特征^1,2。这意味着染色质可及性的潜在全局变化可能驱动癌症进展，正如先前所假设的那样^3-5。此外，还存在诸如含溴结构域蛋白4（BRD4）之类的表观遗传阅读器，已被证明与这些转录因子相关联^6-8，并且也促进多种类型的侵袭性癌症^8,9，包括前列腺癌（PC）^6,10。在此，我们首次展示，将甲醛辅助分离调控元件结合测序（FAIRE-seq）应用于人类前列腺肿瘤组织，能够界定去势抵抗性前列腺癌（CRPC），并可用于指导发现基因水平的治疗分类器。此外，我们还表明，仅雄激素受体（AR）的过表达就是染色质松弛的主要驱动因素，并且这种效应可以使用溴结构域抑制剂逆转。我们还报告，含溴结构域蛋白（BRDs）在晚期CRPC中过表达，且ATAD2和BRD2具有预后价值。

总之，这是首项在患者样本中证明BRDs对CRPC染色质可及性具有重大影响的研究。因此，靶向溴结构域为联合治疗提供了强有力的理论依据，其中BRD介导的TF结合随着癌症进展而增强或改变。对激素饥饿或R1881处理的LNCaP和VCaP前列腺癌细胞系，以及来自良性前列腺增生（BPH）、原发性前列腺癌（PC）和去势抵抗性前列腺癌（CRPC）患者的人前列腺组织样本进行了FAIRE-seq研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。