MCF-7细胞诱导性LMO4与DN-Clim表达的基因表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7382

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数据说明

核LIM-only蛋白LMO4在乳腺癌中表达上调，尤其是在雌激素受体阴性肿瘤中，其在小鼠中的过表达会导致增生和肿瘤形成。本研究表明，小鼠乳腺中LMO4的缺失会因上皮细胞增殖减少而导致小叶肺泡发育受损。为了发现潜在的LMO4靶基因，我们还在MCF-7细胞中开发了LMO4及其共调节因子LIM结构域辅因子（Clim/Ldb/Nli）显性负性（DN）形式的条件表达系统。随后，我们使用DNA微阵列来鉴定对LMO4和DN-Clim上调响应的基因。两个数据集中共同的基因之一是BMP7，其表达在大型人类乳腺癌数据集中也与LMO4转录水平显著相关，表明BMP7是乳腺癌中LMO4的真正靶基因。抑制BMP7可部分阻断LMO4对凋亡的影响，表明BMP7至少介导了LMO4的部分功能。

基因转移研究表明，LMO4调控BMP7启动子，染色质免疫沉淀研究显示LMO4及其辅因子Clim2被招募到BMP7启动子。此外，我们证明HDAC2向BMP7启动子的招募被LMO4的上调所抑制，而HDAC2的敲低则上调该启动子。这些研究表明LMO4的一种新作用机制：LMO4、Clim2和HDAC2是转录复合物的一部分，LMO4水平升高可破坏该复合物，导致HDAC2招募减少和启动子活性增加。关键词：诱导型细胞系

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。