GSE60124：HDAC抑制剂SAHA处理人乳腺癌细胞后的基因表达检测

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE60124

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鉴定响应药物扰动的蛋白质变化有助于揭示药物的分子机制及其在治疗中的潜在用途。组蛋白去乙酰化酶（HDACs）是癌症治疗的靶点。辛二酰苯胺异羟肟酸（SAHA）是一种经FDA批准的HDAC抑制剂，用于治疗皮肤T细胞淋巴瘤。ING2是Sin3/HDAC复合物的非催化组分。为更好地从机制上理解Sin3/HDAC复合物在癌症中的作用，我们扩展了其蛋白质-蛋白质相互作用网络，并鉴定了该复合物内一对互斥的相互作用。随后，我们通过六种同源诱饵评估了SAHA对复合物网络破坏的影响。SAHA扰乱了多种蛋白质相互作用，因而损害了Sin3/HDAC网络大部分区域的组成。将SAHA处理对乳腺癌细胞基因表达的影响与ING2亚基敲低进行比较表明，SAHA的部分抗癌效应可能归因于ING2与该复合物结合的破坏。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。