GSE5317：小鼠乳腺退化第0天与第1天表达分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE5317

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数据说明

乳腺退化是发育过程中程序性细胞死亡/凋亡和组织退缩最为显著的例子之一，然而对其中涉及机制的理解仍存在很大空白，触发退化的关键因素尚未被确定。为了聚焦于鉴定与乳腺退化相关的“新”基因，我们采用微阵列分析来检测小鼠早期乳腺退化过程中差异表达的基因。我们相信，此类分析可能有助于鉴定反映乳腺增殖变化的基因，尤其是与生长停滞和生长抑制相关的基因。我们进一步推测，抑制乳腺增殖的基因可能与乳腺肿瘤发生相关，因为癌症通常与凋亡和细胞生长停滞的缺陷有关。我们将退化第0天（D0）的基因表达与第1天（D1，断奶后24小时）进行比较，以鉴定呈现差异表达的基因。共鉴定出5，826个差异表达的基因。

基因表达的变化通过对21个随机选取的基因进行定量实时PCR分析得到确认。在该组中选定若干高度调控的小鼠基因后，随后采用数据库检索来鉴定与人类肿瘤发生相关的基因。最终目标是鉴定在正常生理条件下抑制乳腺增殖、因而具有影响乳腺癌临床管理潜力的基因，因此我们进一步考察了这些基因与人类肿瘤发生的关系。在被鉴定为具有人类同源基因且先前已证实与人类肿瘤发生相关的基因中，排名前200的差异表达基因包括若干已知基因，如下调表达的EGF、EGFR、TGFß2、PTHLH、IGFBP1。上调的已知基因包括ANNEXIN A1和A3、THY

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。