UVB诱导人类转录基因中RNA聚合酶II全基因组重排

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52789

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

摘要 背景：DNA的忠实转录不断受到不同内源性和环境性基因毒性效应的影响。转录偶联修复已被描述为能迅速去除活性基因转录链上的DNA损伤，从而使受阻的转录得以快速恢复。过去利用单个靶基因对该修复机制已有较好的表征。然而，在全基因组范围内修复过程中，紫外线照射后RNA聚合酶II（Pol II）转录受到影响的确切机制尚不清楚。结果：我们研究了非致死剂量UVB对人细胞中全基因组DNA结合的Pol II分布的影响。我们发现，约90%的表达基因的启动子在UVB照射后2-4小时显示Pol II占据减少，并且Pol II的存在在照射后5-6小时恢复至“正常”或更高水平。我们还鉴定出一组较小的基因，其启动子区域的Pol II存在在UVB照射后并未减少，但常常在整个转录单元中增加。

有趣的是，在启动子区域，即Pol II启动子清除发生之处，TFIIH而非TBP跟随Pol II的行为，这表明在这些基因中，TFIIH可能在UVB处理后被困住用于DNA修复。结论：因此，我们的研究揭示了一种全局性负调控机制，该机制在亚致死剂量UVB照射后靶向大多数转录基因上的Pol II转录起始，而一小部分基因（包括修复、细胞生长和存活的调控因子）中，Pol II则逃避了这种负调控。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。