ATM缺陷人乳腺上皮细胞miRNA与基因表达谱（mRNA）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE36082

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

ATM基因缺陷是共济失调毛细血管扩张症的根本原因，这是一种先天性综合征，以神经、运动和免疫缺陷以及癌症风险易感性为特征。微小RNA（miRNA）是转录后基因表达的小型调控因子，也是用于癌症诊断、分期和预测临床治疗方案疗效的有用工具。特别是，miRNA已被用于开发乳腺癌特征谱。我们关注ATM缺陷对乳腺上皮细胞中miRNA表达的影响及其对癌症易感性的潜在贡献。在本研究中，我们探讨了ATM缺失对正常人乳腺上皮细胞（HME-CC）中miRNA表达及相关基因表达变化的影响。我们利用小RNA测序在ATM缺陷的HME-CC中鉴定出81个显著差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中许多已被描述并与肿瘤发生和增殖相关。

这些变化包括肿瘤抑制性miRNA（如hsa-miR-29c和hsa-miR-16）的下调，以及促癌miRNA hsa-miR-93和hsa-mir-221的过表达。所有81个miRNA均与全基因组基因表达谱相结合，以探究miRNA调控的可能靶点。我们识别出了这些miRNA的信使RNA（mRNA）靶点，这些靶点在ATM缺失后也受到显著调控。预测的靶点包括许多与癌症发生和进展相关的基因，其中包括SOCS1和原癌基因MAF。对miRNA和mRNA表达的综合分析使我们能够更全面地理解ATM缺陷个体中观察到的乳腺癌易感性所涉及的途径和网络。本研究强调了ATM缺陷型HME-CC中miRNA及预测mRNA靶点的表达变化，并为在ATM缺陷个体中观察到的乳腺癌易感表型提出了一种机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。