GSE350663：Arid1a 促进乳腺上皮细胞谱系特化 [BRG1 CUT&Run]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE350663

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数据说明

染色质调控在乳腺分化等发育过程中至关重要；然而，调控乳腺细胞分化和细胞命运的调节因子仍知之甚少。在此，我们通过基因敲除和单细胞分析鉴定并表征了Arid1a作为乳腺形态发生的关键调节因子。小鼠中Arid1a敲除会破坏乳腺发育过程中的关键发育结构，如导管分支和终末端芽。来源于Arid1a缺陷小鼠的乳腺类器官表现出异常颗粒性和囊性形态，并伴有分化受损。这些类器官的多组学单细胞RNA和染色质可及性分析揭示，Arid1a对于维持乳腺上皮中发现的细胞状态的分化至关重要，包括基底细胞、管腔祖细胞和腺泡细胞。Arid1a的缺失与向未分化管腔激素状态的转变、雌激素受体反应性降低以及关键谱系定义转录因子（TFs）处染色质可及性和SWI/SNF占据减少相关。

CRISPR/Cas9介导的功能缺失筛选鉴定出Foxa1和Meis1为关键转录因子，其缺失可重现Arid1a缺陷表型。这些发现揭示了一种调控乳腺上皮细胞命运特化的特定表观遗传机制。我们的工作凸显了Arid1a和谱系特异性转录因子作为乳腺上皮细胞命运特化关键因素的重要性，对正常发育和乳腺癌均具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。