新型染色质阅读器ATAD2B调控上皮-间质转化起始

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE350408

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

上皮-间质转化（EMT）是一个关键的发育程序，常被劫持以驱动癌症的侵袭性和转移。尽管组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化（H3K27ac）景观的动态重塑是EMT的标志性特征，但解码这些表观遗传信号的具体染色质阅读器在很大程度上仍不清楚。在此，我们鉴定出ATAD2B是一种新型H3K27ac阅读器，在癌症转移和大脑发育中对细胞迁移至关重要。多组学分析揭示，在EMT启动时，ATAD2B通过其溴结构域靶向活跃上皮身份基因上的H3K27ac，并招募HDAC1对其进行表观遗传沉默，从而强制维持间质状态。ATAD2B缺失会损害乳腺癌细胞系和患者来源类器官的迁移与侵袭，而其过表达则加速体内肺转移并与患者生存期不良相关。此外，ATAD2B促进发育中大脑内新生神经元的迁移。我们的研究结果确立了ATAD2B作为一种多功能的染色质阅读器，在发育和疾病中协调细胞运动。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。