MAPK信号连接BRD2染色质占据与PI3K/AKT抑制剂敏感性 [ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE346442

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

溴结构域和超末端（BET）蛋白，包括BRD2、BRD3、BRD4和BRDT，是乙酰赖氨酸阅读器，通过将延伸和转录因子复合物招募到染色质，将组蛋白乙酰化与转录输出耦合起来。BET蛋白是有前景的治疗靶点，但各个家族成员的功能仍未被完全理解。在此，我们发现BRD2是乳腺癌中与PI3K/AKT抑制共同靶向的脆弱点。泛BET抑制和BRD2敲除在乳腺癌细胞系、患者来源的类器官以及体内均与PI3K通路抑制剂产生协同作用。BRD2敲除损害了三阴性乳腺癌细胞的增殖，并在转录上上调了关键信号和应激反应通路，包括DNA损伤反应。在机制上，BRD2被丝裂原和应激激活激酶MSK和RSK在丝氨酸37（Ser37）位点磷酸化，而Ser37磷酸化是BRD2染色质结合和阅读器功能所必需的。总之，这些发现将BRD2确定为PI3K通路受抑制的乳腺癌中一个磷酸化依赖的、可共同靶向的脆弱点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。