HP1α缺失与TGFβ激活对3D基因组组织的拮抗效应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338129

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

人类基因组的三维（3D）组织在调控基因表达中起着关键作用，并常在癌症中发生紊乱。然而，像异染色质蛋白1α（HP1α）和转化生长因子β（TGFβ）这样的关键因子如何重塑这种结构以驱动肿瘤发生，仍知之甚少。我们研究了HP1α敲低和TGFβ处理对人乳腺上皮细胞中高阶染色质结构和基因表达的影响。我们的发现表明，HP1α耗竭和TGFβ刺激对基因组区室化和亚区室化产生不同且相反的影响。HP1α敲低驱动染色质在全基因组范围内从转录失活的B区室向活跃的A区室转变。这伴随着A亚区室向转录最活跃状态（A3）的逐步重新分布，以及参与上皮-间质转化（EMT）和增殖的致癌基因上调。相反，TGFβ处理促进染色质致密化，增加B区室比例，并驱动活跃A亚区室的逐步减少。

我们的结果凸显了HP1α和TGFβ在塑造三维基因组中的不同作用，并强调了精确、逐步的结构变化如何促进恶性转化。这项研究为染色质构架如何在乳腺癌发生发展中作为调控层发挥作用提供了关键见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。