结肠癌染色体外环状DNA全基因组特征及其在癌变与进展中的功能作用 [Circle-Map]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE335080

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

染色体外环状DNA（eccDNA）被定义为由环状且可移动的DNA分子构成的独特基因组实体，但其在乳腺癌（BC）中的分子功能及影响鲜为人知。本研究采用Circle-seq分析了来自19例BC组织和17例癌旁正常组织的eccDNA。我们发现，eccDNA存在于所有染色体上，并富集于7个与BC通路相关的eccDNA热点基因（HSGs）中。鉴定出若干携带完整基因的eccDNA（eccGenes）和携带miRNA的eccDNA（eccMIRs），并将其与癌症相关通路联系起来。合成的eccMIR6748、eccMIR6508和eccMIR3142可提高MCF-7细胞中的miRNA表达，其中eccMIR6748通过上调miR-6748促进BC细胞迁移和侵袭，而miR-6748在转录后水平抑制肿瘤抑制候选因子5（TUSC5）。eccMIR6748还通过p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路影响BC进展。这些发现提示，含有功能性基因组片段的eccDNA在BC的发生和进展中发挥作用，为基因组可塑性提供了动态来源，并具有作为生物标志物和治疗靶点的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。