基质刚度驱动的 FAK 剪接调控细胞机械感知

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE334884

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞外基质（ECM）硬度影响许多生理和病理过程。细胞可以通过机械感受器感知ECM内的机械变化，其中最显著的是通过黏着斑激酶（FAK）。利用人源数据和2D/3D工程化模型，我们鉴定出一种普遍存在且尚未被表征的FAK异构体，其缺失外显子4（FAKΔe4）。我们证明，FAKΔe4剪接受基底硬度以双相方式调控，其中需要最佳硬度才能实现FAKΔe4的最大表达。我们进一步表明，FAKΔe4决定了最佳迁移速度和侵袭发生的硬度，损害黏着斑动力学和成熟，并且与经典FAK异构体相比，使其自磷酸化和下游YAP核转位向较低硬度偏移。此外，FAKΔe4与经典FAK的表达水平决定了细胞在硬度趋化过程中将汇聚于何种硬度。我们的结果揭示了FAKΔe4如何作为一种精细调节的机械感知开关发挥作用，并重塑了我们对机械转导的理解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。