GSE333366：ESR1 Y537S突变特异性增强子的鉴定与验证及其下游靶点IGFBP3[ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333366

标准获取流程：

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数据说明

抑制雌激素受体（ER）介导信号转导的内分泌治疗是ER阳性乳腺癌的一种基石疗法，而该亚型占所有乳腺癌病例的75%以上。然而，相当一部分患者会出现内分泌治疗耐药，而编码ER-α的ESR1基因的热点错义点突变是这种耐药的主要潜在机制之一。尽管近期研究为突变型ER的作用和活性提供了新的见解，但能够克服这种突变型ER介导的内分泌耐药的有效疗法仍难以实现。我们利用一株来源于转移性乳腺癌患者、携带ESR1 Y537S突变的循环肿瘤细胞系，以及携带相同突变的基因工程乳腺癌细胞系进行分析，发现了一个可被Y537S突变型ER特异性结合的新型增强子区域。在Y537S ER突变细胞中，缺失该增强子区域可导致体外细胞增殖和黏附减少、体内致瘤性降低，并增强对氟维司群的敏感性。我们随后鉴定出IGFBP3是该增强子的下游靶点，并验证了其在部分Y537S ER相关表型中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。