TRIM27 乙酰化/去乙酰化调控核质定位与肿瘤进展 [CUT&Tag II]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328799

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症侵袭和转移由复杂的分子机制所协调，这些机制至今尚未被完全理解。我们发现，通常被认为是E3泛素连接酶的三联基序包含蛋白27（TRIM27）在癌症进展中发挥双重作用。这些作用取决于其亚细胞定位，而亚细胞定位受赖氨酸297（K297）位点的乙酰化和去乙酰化调控，且这一调控独立于其泛素连接酶活性。由通用控制非阻遏蛋白5（GCN5）介导的乙酰化将TRIM27导向细胞核，在核内它通过调节配对盒6（PAX6）的转录来抑制癌细胞侵袭和转移。相反，由组蛋白去乙酰化酶4（HDAC4）介导的去乙酰化则导致其定位于细胞质，促进细胞增殖和肿瘤生长。在细胞核中，TRIM27与聚（ADP-核糖）聚合酶1（PARP1）及负延伸因子（NELFs）结合，抑制PARP1介导的NELFA单ADP-核糖基化，从而阻止RNA聚合酶II从转录暂停中释放，导致PAX6的转录抑制。

此外，我们证明使用PARP1抑制剂奥拉帕尼治疗能够限制缺乏乳腺癌基因（BRCA）突变的癌细胞的转移，揭示了先前被忽视的治疗潜力。重要的是，奥拉帕尼与HDAC4抑制剂他喹莫德的联合使用能协同抑制癌症转移。总体而言，这些发现揭示了翻译后修饰的复杂相互作用，这些修饰决定了TRIM27的亚细胞定位和生物学功能，突显了有效癌症治疗的新策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。