MCF-7 细胞的 DNase-seq 数据（ENCSR719NFU）

资源简介

MCF-7 细胞的 DNase-seq 数据（ENCSR719NFU）

GSE321165 是一个来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）的 DNase-seq 数据集，样本材料为 MCF-7 细胞，对应 ENCODE 项目编号 ENCSR719NFU。该数据集归入肿瘤 / 乳腺癌分类，采用高通量测序技术对人类（9606）基因组进行结合 / 占据情况的分析，平台为 GPL11154。数据集共包含 1 个文件，样例文件为 GSE321165_series_matrix.txt.gz，由 ENCODE 与 DCC 提供，发布时间为 Feb 26 202。整体而言，该数据可用于全基因组范围内染色质开放区域的检测，属于基因组结合与占据分析类的高通量测序资源。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI，标题为 “DNase-seq from MCF-7 (ENCSR719NFU)”。MCF-7 是乳腺癌研究中常用的细胞模型，因此本站将其归类为肿瘤 / 乳腺癌。数据集由 ENCODE 与 DCC 作为作者发布，发布时间为 Feb 26 202。其主题标签包括 “Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing”、GPL11154 以及 9606，说明该数据属于以高通量测序手段开展的人类基因组结合 / 占据分析范畴。ENCODE 项目长期致力于系统性地注释人类基因组功能元件，DNase-seq 是其中用于检测染色质开放状态的常用实验方法之一。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 DNase-seq 实验产生的数据，用于全基因组范围内染色质开放区域的检测与基因组结合 / 占据情况的高通量测序分析。数据集共包含 1 个文件，文件样例为 GSE321165_series_matrix.txt.gz。主题标签中标注了 GPL11154 平台与物种编号 9606，表明数据基于该平台产生并对应人类样本。数据以高通量测序方式获得，属于基因组结合 / 占据分析类型。除上述文件与标签信息外，源站未提供更详细的样本数量、测序深度、基因组版本或数据表字段说明。

【采集与来源】

数据采集自 NCBI 来源站，源站标题为 “DNase-seq from MCF-7 (ENCSR719NFU)”。作者为 ENCODE 与 DCC，发布时间为 Feb 26 202。实验材料为 MCF-7 细胞，实验类型为 DNase-seq，平台为 GPL11154，物种为人类（9606）。源站描述中仅提供了数据使用条款与条件的指引链接，指向 genome.gov 上的相关数据使用政策页面，未进一步说明实验流程、建库方法或测序细节。

【适用场景】

该数据适用于全基因组范围内染色质开放区域的检测，以及基因组结合 / 占据情况的高通量测序分析。由于样本为 MCF-7 乳腺癌细胞，可应用于肿瘤 / 乳腺癌相关的基因组功能元件研究场景。主题标签表明其属于 “Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing” 类型，因此适合用于染色质可及性、调控元件定位等方向的分析。具体分析目标与适用范围应结合源站提供的数据使用政策进行判断。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE321165_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，应按对应文件格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或编码问题导致的数据解析错误。源站未提供额外的预处理步骤、软件工具或分析流程说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量指标、覆盖度、重复性或其他质量控制相关的具体信息。数据集仅包含 1 个文件，文件样例为 GSE321165_series_matrix.txt.gz。除主题标签、平台与物种信息外，源站未提供更详细的实验条件、批次信息或技术验证结果。使用者在应用前应自行评估数据是否满足其研究需求。

【引用与许可】

该数据集的使用需遵循源站描述中给出的数据使用条款与条件，相关指引链接为 http://www.genome.gov/27528022 以及 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODE_Data_Use_Policy_for_External_Users_03-07-14.pdf。作者为 ENCODE 与 DCC。除上述指引外，源站未提供其他引用格式或授权细节。