T47D 细胞系 DNase-seq 数据（ENCSR167FNW）

资源简介

T47D 细胞系 DNase-seq 数据（ENCSR167FNW）

GSE321005 是一个以 DNase-seq 为技术手段、以 T47D 细胞为研究对象的数据集，编号对应 ENCSR167FNW。该数据集归入肿瘤 / 乳腺癌类别，来源为 NCBI。其主题标签表明它属于基因组结合/占据的高通量测序分析类型，涉及人类物种（9606）与平台 GPL16791。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE321005_series_matrix.txt.gz。整体而言，该资源可用于观察乳腺癌细胞中染色质开放区域与转录调控元件的分布，为基因组结合位点分析及相关调控机制探索提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集英文名称为 GSE321005: DNase-seq from T47D (ENCSR167FNW)，源站标题为 DNase-seq from T47D (ENCSR167FNW)。从名称与主题标签看，它属于基因组结合/占据的高通量测序类型，研究对象为 T47D 细胞。T47D 是乳腺癌研究中常用的细胞模型，因此该数据集被归入肿瘤 / 乳腺癌分类。数据由 ENCODE 与 DCC 提供，发布时间为 Feb 26 202。源站描述中未展开具体实验背景，仅给出数据使用条款与条件的指引链接。该数据集的主题标签包含 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL16791 与 9606，分别指向高通量测序的基因组结合/占据分析、特定平台以及人类物种。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE321005_series_matrix.txt.gz。该文件以 GZIP 压缩包形式提供，属于系列矩阵文件。主题标签表明数据涉及基因组结合/占据的高通量测序分析，物种为人（9606），平台为 GPL16791。侧写线索指出，该数据可用于研究乳腺癌细胞中染色质开放区域与转录调控元件的分布，支持基因组结合位点分析及相关调控机制探索。除上述信息外，源站未提供更细粒度的数据内容说明，例如具体样本数量、测序深度、峰值调用结果或注释文件等。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，作者为 ENCODE 与 DCC，发布时间为 Feb 26 202。源站描述仅提供数据使用条款与条件的参考链接，未说明具体实验采集流程、细胞培养条件、DNase 处理步骤或测序平台运行细节。主题标签中的 GPL16791 指向所用平台，9606 指向人类物种。整体来源可归纳为 ENCODE 项目相关数据，通过 NCBI 站点发布。关于样本采集地点、时间跨度、伦理审批或原始实验方案，源站未提供。

【适用场景】

根据主题标签与侧写线索，该数据集适用于基因组结合/占据的高通量测序分析，尤其可用于研究乳腺癌细胞中染色质开放区域与转录调控元件的分布。具体而言，可支持基因组结合位点分析及相关调控机制探索。由于数据归入肿瘤 / 乳腺癌分类，它也可能用于与乳腺癌细胞调控元件相关的比较或整合分析。但需注意，源站未提供具体分析结论或验证结果，因此适用场景应理解为基于数据类型与物种、平台的通用用途，而非该数据集已验证的具体发现。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE321005_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入。由于文件数量为 1，使用流程相对集中，但仍需注意系列矩阵文件可能包含样本元数据与表达或信号矩阵，具体字段需以实际文件为准。源站未提供额外的预处理脚本、标准化流程或分析参数，因此使用时应结合通用 DNase-seq 分析工具与参考基因组信息自行处理。

【质量与限制】

该数据集的文件数量为 1，样例文件为 GSE321005_series_matrix.txt.gz。源站未提供质量评估指标、重复数、测序深度、比对率或峰值一致性等信息。发布时间为 Feb 26 202，但未说明数据版本更新情况。主题标签与侧写线索提供了数据类型、物种与平台信息，但未涵盖具体实验条件或批次信息。因此，在质量与限制方面，源站未提供可量化的质量指标，使用时应自行评估数据适用性。此外，源站描述仅指向数据使用条款链接，未对数据局限性作出说明。

【引用与许可】

该数据集的作者为 ENCODE 与 DCC，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述指出，关于数据使用条款与条件，请参考 http://www.genome.gov/27528022 以及 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODE_Data_Use_Policy_for_External_Users_03-07-14.pdf。除上述链接外，源站未提供具体的引用格式、许可类型或署名要求。使用该数据集时，应遵循上述数据使用政策，并注意源站未提供其他许可细节。