T47D 细胞系 DNase-seq 数据集（ENCSR648YHN）

资源简介

T47D 细胞系 DNase-seq 数据集（ENCSR648YHN）

GSE320957 是一个以 DNase-seq 技术为核心的基因组学数据集，来源于乳腺癌细胞系 T47D，对应 ENCODE 项目编号 ENCSR648YHN。该数据集通过高通量测序手段检测基因组中的开放染色质区域，可用于研究乳腺癌细胞内的转录调控元件、染色质可及性以及基因组结合与占据图谱。数据集由 ENCODE 与 DCC 提供，发布站点为 ncbi.nlm.nih.gov，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE320957_series_matrix.txt.gz，发布时间为 Feb 26 202。整体而言，该数据集面向染色质可及性研究，适合作为乳腺癌转录调控机制探索的基础数据资源。

【数据集背景】

该数据集属于 ENCODE 项目产出的 DNase-seq 数据，针对 T47D 乳腺癌细胞系。DNase-seq 是一种利用脱氧核糖核酸酶 I 对开放染色质区域进行切割并配合高通量测序来定位染色质开放位点的技术，常用于绘制全基因组范围内的调控元件图谱。该数据集的主题标签包括“Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing”，平台编号为 GPL16791，物种编号为 9606，表明其面向人类基因组的结合与占据分析。本站将其归入肿瘤 / 乳腺癌分类，说明其在肿瘤相关研究中的定位。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE320957_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩格式，属于系列矩阵文件，通常用于承载样本层面的表达或信号汇总信息。数据集的主题标签涵盖高通量测序平台下的基因组结合与占据分析，平台编号 GPL16791 与物种编号 9606 一并列出。数据内容围绕 T47D 细胞的 DNase-seq 测序结果展开，可用于表征开放染色质区域。除上述文件与标签信息外，源站未提供更细粒度的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“DNase-seq from T47D (ENCSR648YHN)”。作者为 ENCODE 与 DCC，发布时间为 Feb 26 202。数据集对应 ENCODE 项目编号 ENCSR648YHN，属于 ENCODE 数据产出的一部分。源站描述中提供了数据使用条款与条件的参考链接，指向 genome.gov 上的相关页面，包括 ENCODE 外部用户数据使用政策。采集所涉及的细胞系为 T47D，属于乳腺癌细胞模型。除此之外，源站未提供更详细的采集流程、实验条件或样本处理信息。

【适用场景】

该数据集以高通量测序方式检测基因组开放染色质区域，可用于研究乳腺癌细胞中的转录调控元件、染色质可及性及基因组结合/占据图谱。具体而言，适用于分析 T47D 细胞中开放染色质的位置与分布，识别潜在的调控区域，并作为乳腺癌转录调控研究的参考数据。由于主题标签涉及基因组结合与占据分析，该数据也可用于与其它基因组结合数据进行比较或整合分析。适用场景不限于上述方向，但源站未提供更多具体应用案例或分析建议。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE320957_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按对应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入。由于文件为系列矩阵格式，读取时应注意其行列结构与字段含义，确保解析正确。源站未提供更详细的使用步骤、软件推荐或参数设置说明。

【质量与限制】

该数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE320957_series_matrix.txt.gz。源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、重复性、批次效应或技术偏差的具体信息。数据使用需遵循源站描述中提及的数据使用条款与条件，相关链接指向 genome.gov 上的 ENCODE 数据使用政策页面。由于源站未提供更详细的质控指标与限制说明，使用者在分析前应自行评估数据适用性。此外，发布时间为 Feb 26 202，源站未提供后续更新或版本信息。

【引用与许可】

该数据集的作者为 ENCODE 与 DCC，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“DNase-seq from T47D (ENCSR648YHN)”。源站描述中明确提示，数据使用条款与条件请参考 http://www.genome.gov/27528022 以及 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODE_Data_Use_Policy_for_External_Users_03-07-14.pdf。使用该数据集时应遵循上述政策要求。除这些信息外，源站未提供具体的引用格式、许可类型或其它使用限制说明。