T47D 细胞系 DNase-seq 数据（ENCSR155XOC）

资源简介

T47D 细胞系 DNase-seq 数据（ENCSR155XOC）

GSE320888 是一个以 DNase-seq 技术为核心的高通量测序数据集，来源于人类乳腺癌细胞系 T47D，对应 ENCODE 项目编号 ENCSR155XOC。该数据集通过高通量测序手段检测基因组开放染色质区域与蛋白结合占用情况，属于基因组结合与占用谱分析范畴。数据集收录于 NCBI 站点，当前分类为肿瘤 / 乳腺癌，物种为人类（9606），测序平台为 GPL16791。数据集共包含 1 个文件，即 GSE320888_series_matrix.txt.gz，以 GZIP 压缩格式提供。该资源可用于研究乳腺癌细胞中染色质开放状态及调控元件分布，为肿瘤表观遗传学研究提供基础数据支持。

【数据集背景】

该数据集由 ENCODE 项目产生，作者标注为 ENCODE 与 DCC，发布时间为 Feb 26 202。ENCODE 项目致力于系统性地注释人类基因组中的功能元件，DNase-seq 是其核心技术之一，用于识别染色质开放区域，进而推断调控元件的位置与活性。T47D 是一种广泛应用的人类乳腺癌细胞系，以该细胞系为实验材料开展 DNase-seq，有助于揭示乳腺癌相关细胞中染色质层面的调控特征。数据集在 NCBI 站点发布，源站标题为“DNase-seq from T47D (ENCSR155XOC)”，本站将其归类于肿瘤 / 乳腺癌方向。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件，文件名为 GSE320888_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。该文件为系列矩阵文件，通常用于汇总样本层面的表达或信号信息。主题标签包括“Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing”，表明数据通过高通量测序方式检测基因组结合与占用情况；平台标识为 GPL16791；物种标识为 9606，即人类。数据以高通量测序方式检测基因组开放染色质与蛋白结合占用情况，覆盖人类乳腺癌细胞系 T47D 的 DNase-seq 实验结果。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI 站点，源站标题为“DNase-seq from T47D (ENCSR155XOC)”。作者为 ENCODE 与 DCC。发布时间为 Feb 26 202。源站描述中提供了数据使用条款与条件的参考链接，指向美国国家人类基因组研究所（NHGRI）及 ENCODE 项目的外部用户数据使用政策页面。数据集对应的实验类型为 DNase-seq，实验对象为 T47D 细胞系，测序平台为 GPL16791，物种为人类。除上述信息外，源站未提供更详细的样本采集、处理或测序流程描述。

【适用场景】

该数据集适用于基因组结合与占用谱分析相关研究，尤其是针对乳腺癌细胞系 T47D 的染色质开放区域识别与调控元件注释。由于数据以高通量测序方式产生，可用于探索基因组中开放染色质区域的位置与分布，进而辅助分析转录因子结合位点、启动子及增强子等调控元件。在肿瘤 / 乳腺癌研究背景下，该数据可用于比较或整合其他表观遗传学数据，以理解乳腺癌细胞中基因表达调控的染色质基础。此外，该数据也可作为 ENCODE 项目资源的一部分，用于基因组功能元件的系统注释与验证。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE320888_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式进行读取与解压。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入分析流程。由于文件为系列矩阵格式，通常包含样本标识、平台信息及信号值等字段，使用者可根据研究目的提取所需信息。在分析前应确认数据与目标平台 GPL16791 的兼容性，并遵循源站提供的使用条款与条件。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复数或数据完整性的具体说明。数据集仅包含 1 个文件，可能限制了对样本间变异或重复性分析的支撑。此外，源站未提供详细的实验流程、数据处理方法或质控指标，使用者在解释结果时需谨慎。数据使用需遵循源站描述中提及的 NHGRI 与 ENCODE 数据使用政策。由于缺乏更详细的元数据，该数据集在应用时可能需要进行额外的验证与补充信息获取。

【引用与许可】

该数据集由 ENCODE 与 DCC 作者发布，发布时间为 Feb 26 202。源站描述中明确要求参考 http://www.genome.gov/27528022 以及 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODE_Data_Use_Policy_for_External_Users_03-07-14.pdf 中的数据使用条款与条件。使用者在引用或使用该数据集时，应遵循上述政策要求，并适当引用 ENCODE 项目及 NCBI 站点相关资源。除源站描述中提及的许可与使用条款外，源站未提供其他具体的引用格式或授权说明。