雌激素剂量依赖性调控乳腺癌细胞基因组 [Hi-C]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318617

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

雌激素是ER+乳腺癌细胞的主要促分裂原。然而，在此之前，大多数利用细胞实验探究E2调控信号基因组效应的研究都使用了超生理水平的激素。尽管这使我们能够了解E2信号的极端情况，却限制了我们研究在较低激素浓度下运作的细胞功能的能力。特别是，在生理E2剂量下，配体结合的ERa通过转录增强子形成和功能所发挥的基因组作用尚不清楚。在此，我们采用整合基因组学方法，结合RNA-seq、PRO-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和HiC，鉴定出在皮摩尔或纳摩尔浓度E2下优先表达的基因集。这些基因的表达主要在转录水平上受到调控，并与独特的增强子特征相关，包括染色质可及性和H3K27ac富集，以及FOXA1和GATA3共转录因子的差异结合。这些特征在TAD边界内还表现出空间组织。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。