乳腺癌细胞中BRCA1 DNA结合域杂合SNP增强PARP抑制敏感性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE315381

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制剂在携带BRCA1/2突变的乳腺癌患者中显示出疗效。然而，某些BRCA1单核苷酸多态性(SNPs)可能改变蛋白质功能而不完全丧失活性。本研究探讨DNA结合域内特定的BRCA1 SNPs是否影响细胞对PARP抑制的敏感性。我们使用了携带杂合BRCA1 SNPs的乳腺癌细胞系(CAMA-1：rs799917、rs16941、rs16942、rs1799966)或野生型BRCA1(T47D)。使用MTT法评估奥拉帕利处理后的细胞活力。进行了转录组测序和功能富集分析。与T47D细胞相比，CAMA-1细胞表现出显著增强的奥拉帕利敏感性，在50 μM处理72小时后，活力降至45%对75%(p<0.001)。转录组分析揭示了6,978个差异表达基因，富集于DNA结合、转录调控和细胞降解通路，提示在PARP抑制应激下存在条件性单倍体不足。DNA结合域中的杂合BRCA1 SNPs在无致病突变的情况下赋予增加的PARP抑制剂敏感性。

这表明PARP抑制剂疗法可能适用于具有特定BRCA1基因多态性的患者，为乳腺癌个性化治疗提供了一种新的生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。