急性degron介导的RUNX1缺失重编程增强子活性与上皮失稳及癌症特征启动 [PRO-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE314312

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RUNX1协调表型基因表达，其抑制或扰动与乳腺肿瘤的发生和进展相关。RUNX1在维持乳腺上皮表型与抑制癌症受损基因表达启动之间的双重作用机制尚不清楚。通过degron介导在人乳腺上皮细胞中实现急性、选择性和完全的RUNX1消融，揭示了启动子和远端增强子驱动的基因群表达。RUNX1消融迅速且选择性地降低了RUNX1结合增强子处的染色质可及性和H3K27ac，但不影响启动子。虽然由RUNX1结合增强子接触的差异启动和表达基因富集于上皮维持和干性通路，但具有RUNX1启动子占据的基因支持DNA损伤响应。RUNX1消融后观察到细胞形态改变、代谢控制、乳腺癌干性、可塑性、锚定非依赖性存活、化疗耐药性以及DNA损伤反应性扰动。

这些发现将RUNX1定义为一种肿瘤抑制因子，它维持上皮细胞状态，保持增强子活性，以防止与癌症特征相关的基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。