GSE307770：高淋巴结受累乳腺癌患者肿瘤进展的表观遗传标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307770

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：乳腺癌（BC）腋窝淋巴结（LN）病变的管理正在演变，腋窝淋巴结清扫术（ALND）的使用不断减少。因此，来自淋巴结评估的预后信息正变得有限。原发肿瘤中与更大淋巴结负荷相关的分子决定因素可能提供补充性预后价值，并有助于深入理解疾病进展机制。方法：我们回顾性分析了47例确诊时伴有淋巴结转移的雌激素受体阳性（ER+）、HER2阴性（HER2–）乳腺癌患者，排除了接受新辅助治疗的患者。患者按淋巴结分期分层（pN1：1–3个阳性淋巴结，n=29；>pN1：≥4个阳性淋巴结，n=18）。我们进行了全基因组DNA甲基化谱分析。研究结果在TCGA、SCAN-B、AURORA-US以及其他整合DNA甲基化和转录组数据的数据集中得到验证。结果：我们识别出7,794个差异甲基化位点，在>pN1的原发乳腺癌肿瘤中，启动子高甲基化富集于CpG岛，低甲基化富集于open sea区域。与TCGA（n=148）进行跨队列整合后，发现95个具有一致性甲基化差异的启动子相关基因，这些基因富集于发育和黏附基因通路。其中，7个基因还显示出一致的差异表达。基于五个临床相关基因（TTC23、ARL10、RIC3、CXCL14、KCNH2），我们推导出淋巴结受累结局分子（LION）评分。在多个队列中，较低的LION评分与更高的淋巴结负荷和更差的远处无转移生存相关。结论：ER+/HER2–乳腺癌中的表观遗传学改变与更高的淋巴结受累和转移风险相关。LION评分虽然不是预测性分类器，但代表一种具有生物学依据的指标，在腋窝手术减少的时代有可能补充预后分期。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。