GRHL2与PR在乳腺细胞中转录共调控机制解析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307203

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集属于一项研究，我们在该研究中功能性地解析了人类乳腺癌细胞中grainyhead样2（GRHL2）与孕激素受体（PR，也称为PGR）的转录共调控作用。作为这些工作的一部分，我们在T47DS细胞中对内源性GRHL2和PR进行了CUT&RUN实验。基因表达受复杂的转录网络控制，其中转录因子及其同源增强子元件整合发育和环境信号。孕激素受体（PR）是一种激素激活的转录因子，对乳腺发育和生理功能至关重要，但其如何与染色质及谱系特异性辅因子相互作用仍不清楚。通过无偏倚的方法，我们确定了上皮转录因子grainyhead样2（GRHL2）是激素反应性乳腺癌细胞中PR活性的关键共调控因子。我们发现GRHL2以非孕激素依赖的方式与PR相互作用。在孕激素刺激下，GRHL2和PR均被招募至远端增强子元件。此外，GRHL2和PR结合的元件通过染色质环化在空间上连接，以调控共同的靶标。

这些发现揭示了一种此前未被认识的机制，即GRHL2和PR通过染色质结合及三维基因组结构修饰来协调基因调控，从而将GRHL2定位为类固醇激素受体功能的关键调节因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。